生物学的情報、ZDOCKサンプリング手法、およびDFIRE統計エネルギー機能に導かれたクラスタリングを使用したドッキング予測

ラウンド4の真ん中にカプリ実験に入り、それ以来リリースされた6つのターゲットすべての予測を提出しました。ドッキング予測に次の手順を使用しました。（1）既知の生物学的情報に基づくターゲットの可能な結合領域の識別、（2）ドッキングプログラムZDOCKを使用して、結合領域の周りの剛体サンプリング（3）DFIREベースの統計エネルギー関数を使用して、サンプリングされた複雑な立体構造のランキング、（4）ペアワイズルート平均平方距離とDFIREエネルギーに基づくクラスタリング、および（5）サイドの手動検査と緩和 - 幾何学的制約による上位の構造の鎖の立体構造。6つのターゲットのうち4つについて合理的な予測が行われました。上位10モデル内のネイティブコンタクトの最高の割合は、ターゲット12で89.1％、ターゲット13で54.3％、目標14で29.3％、ターゲット18で94.1％です。成功と障害の起源について説明します。。

We entered the CAPRI experiment during the middle of Round 4 and have submitted predictions for all 6 targets released since then. We used the following procedures for docking prediction: (1) the identification of possible binding region(s) of a target based on known biological information, (2) rigid-body sampling around the binding region(s) by using the docking program ZDOCK, (3) ranking of the sampled complex conformations by employing the DFIRE-based statistical energy function, (4) clustering based on pairwise root-mean-square distance and the DFIRE energy, and (5) manual inspection and relaxation of the side-chain conformations of the top-ranked structures by geometric constraint. Reasonable predictions were made for 4 of the 6 targets. The best fraction of native contacts within the top 10 models are 89.1% for Target 12, 54.3% for Target 13, 29.3% for Target 14, and 94.1% for Target 18. The origin of successes and failures is discussed. .