Hardy-Weinberg平衡からの逸脱を介したジェノタイピングエラーと擬似SNPの検出

遺伝子型エラーは、遺伝的研究の力を大幅に減らすことができます。ファミリデータの場合、遺伝子型エラーは、非メンデルの矛盾のマーカーデータ、二重再結合イベントのための密接にリンクされたマーカー、および重複した遺伝子型の一貫性を調べることによって評価できます。ケースコントロールデータの場合、重複サンプルは遺伝子型であり、コントロールはHardy-Weinberg平衡（HWE）からの逸脱についてテストされます。重複したサンプルは、系統的なジェノタイピングエラーが発生していない限り、ジェノタイピングエラー率の正確な推定値を提供できます。ジェノタイピングエラーはHWEからの逸脱を引き起こす可能性がありますが、これらの逸脱は通常小さく、それらを検出する能力は、ジェノタイピングエラーの高い割合および/または大きなサンプルサイズを除いて低くなります。追加の問題は、HWEからの逸脱がマーカー遺伝子座について検出された場合でも、追加の実験なしでは、原因としてジェノタイピングエラーを明確に関与させることはできないことです。単一ヌクレオチド多型（SNP）データのHWEからの逸脱を検出するために必要なパワーとサンプルサイズは、さまざまなジェノタイピングエラーと擬似SNPモデルについて調べられます。検査されたジェノタイピングモデルの大部分では、HWEからの逸脱を検出する力が低くなっています。たとえば、1,000のコントロールの場合、0.1の周波数を持つ対立遺伝子が0.05のサンプルエラー率を生成するヘテロ接合遺伝子型の28％に対して増幅できない場合、0.05のHWEからの偏差を検出する電力は0.51です。一方、検査されたモデルの大部分の擬似SNP（パラログおよび異所性配列バリアント）のHWEからの偏差の検出は、50個の個人のサンプルサイズのパワーを> 0.8のパワーを生成します。

Genotype error can greatly reduce the power of a genetic study. For family data, genotype error can be assessed by examining marker data for non-Mendelian inconsistencies, closely linked markers for double recombination events, and consistency of duplicate genotypes. For case-control data, duplicate samples are genotyped, and controls are tested for deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). Duplicate samples can provide accurate estimates of genotyping error rates, unless systematic genotyping errors have occurred. Although genotyping errors can cause deviations from HWE, these deviations are usually small, and the power to detect them is low except for high rates of genotyping error and/or large sample sizes. An additional problem is that even when deviations from HWE are detected for marker loci, without additional experimentation it is not possible to unequivocally implicate genotyping error as the cause. The power and sample sizes necessary to detect deviations from HWE for single-nucleotide polymorphism (SNP) data are examined for a variety of genotyping error and pseudo-SNP models. For the majority of genotyping models examined, the power is poor to detect deviations from HWE. For example, for 1,000 controls, if an allele with a frequency of 0.1 fails to amplify for 28% of the heterozygous genotypes producing a sample error rate of 0.05, the power is 0.51 to detect a deviation from HWE at an alpha level of 0.05. On the other hand, the detection of deviations from HWE for pseudo-SNPs (paralogous and ectopic sequence variants) for the majority of models examined produces a power of >0.8 for sample sizes as small as 50 individuals.