NDPASA：遠く関連するタンパク質用のペアワイズシーケンスアラインメントサーバー

NDPASAは、遠い関連するタンパク質間のシーケンスアライメントを最適化するために特別に設計されたWebサーバーです。このプログラムは、アミノ酸の隣接依存性の傾向をアライメントのユニークなパラメーターとして使用することにより、テンプレートシーケンスの構造情報をグローバルアライメントアルゴリズムに統合します。NDPASAは、テンプレートシーケンスで特定の二次構造を採用する対応する残基ペアと一致するクエリシーケンス内の残基ペアの可能性を評価することにより、アライメントを最適化します。NDPASAは、配列同一性の低い割合を共有する相同タンパク質を調整するのに最も効果的です。サーバーは、相同タンパク質構造モデリングを支援するように設計されています。ユーザーがクエリシーケンスのモデリングに最も適したテンプレート候補を特定できるように、PSI-BLAST検索エンジンが実装されました。

NdPASA is a web server specifically designed to optimize sequence alignment between distantly related proteins. The program integrates structure information of the template sequence into a global alignment algorithm by employing neighbor-dependent propensities of amino acids as a unique parameter for alignment. NdPASA optimizes alignment by evaluating the likelihood of a residue pair in the query sequence matching against a corresponding residue pair adopting a particular secondary structure in the template sequence. NdPASA is most effective in aligning homologous proteins sharing low percentage of sequence identity. The server is designed to aid homologous protein structure modeling. A PSI-BLAST search engine was implemented to help users identify template candidates that are most appropriate for modeling the query sequences.