シロイヌナズナのエコタイプにおけるプラスチドRNAの編集

陸上植物からのプラスチドエンコードされたmRNAの転写後成熟には、非常に特異的な位置でのシチジンをウリジンの変化にすることによる編集が含まれます。これにより、通常、影響を受けるタンパク質の適切な機能に重要な保存されたアミノ酸のコドンのアイデンティティが回復します。かなり一定の編集サイトの数とは対照的に、それらの位置は、密接に関連する分類群間でさえ大きく異なります。ここでは、シロイヌナズナのエコタイプコロンビア（COL-0）のプラスチドゲノムの編集部位（編集型）の特定のパターンを実験的に決定しました。プラスチドのオープンリーディングフレームの系統解析に基づいて、28の編集サイトを特定しました。遺伝子MATKとNDHBの2つの編集イベントは、顕花植物の進化の間に遅く進化したようです。驚くべきことに、それらはほぼ同一のシーケンス要素に埋め込まれており、系統発生的に共同加工されているようです。これは、2つのサイトが同じトランスファクターによって認識されていることを示唆しており、進化の編集サイトのこれまでの謎めいたゲインを説明するのに役立つ可能性があります。亜種レベルで編集型のバリエーションを追跡するために、COL-0編集部位のために、他の2つのA. Thalianaの加入、ケープヴェルデ諸島（CVI-0）とWassilewskija（WS-2）を調べました。CVI-0とWS-2の両方は、COL-0で決定されたように編集サイトのセット全体を所有して処理しますが、RNA編集の結果はエコタイプ間の1つの位置で異なります。

Post-transcriptional maturation of plastid-encoded mRNAs from land plants includes editing by making cytidine to uridine alterations at highly specific positions; this usually restores codon identities for conserved amino acids that are important for the proper function of the affected proteins. In contrast to the rather constant number of editing sites their location varies greatly, even between closely related taxa. Here, we experimentally determined the specific pattern of editing sites (the editotype) of the plastid genome of Arabidopsis thaliana ecotype Columbia (Col-0). Based on phylogenetic analyses of plastid open reading frames, we identified 28 editing sites. Two editing events in the genes matK and ndhB seem to have evolved late during the evolution of flowering plants. Strikingly, they are embedded in almost identical sequence elements and seem to be phylogenetically co-processed. This suggests that the two sites are recognized by the same trans-factor, which could help to explain the hitherto enigmatic gain of editing sites in evolution. In order to trace variations in editotype at the subspecies level we examined two other A. thaliana accessions, Cape Verde Islands (Cvi-0) and Wassilewskija (Ws-2), for the Col-0 editing sites. Both Cvi-0 and Ws-2 possess and process the whole set of editing sites as determined in Col-0, but the consequences of RNA editing differ at one position between the ecotypes.