9つの遺伝子に基づく矛盾系の系統発生位置の推論：メタモナダと掘削装置のサポート

主要な真核生物群を囲み、それらの間の高次関係を解決することは、分子進化論者が直面している最も挑戦的なタスクの1つです。最近、幅広い鞭毛剤を含む新しいスーパーグループ（Excavata）を示唆する証拠が収集されました。このグループは、ディプロモナド、レトルタモナド、カルペディエモナ、ヘテロロボシーン、トリマスティクス、ヤコビッド、マラウィモナスで構成されており、そのすべてが相同であると提案されている特定のタイプの腹部摂食グルーブを持っています。1つまたは複数のコア掘削分類群との関係が実証されたため、Euglenozoans、Parabasalids、およびOxymonadも発掘に関連しています。しかし、掘削液の一般的な受け入れに対する主な障壁は、その存在が分子系統学からの一貫したサポートなしで、主に細胞骨格の類似性に基づいていることです。遺伝子の木では、通常、エクスカバタは一緒に回収されません。この論文では、8つのタンパク質配列（アルファチューブリン、ベータチューブリン、ガンマ - チューブリン、EF-1アルファ、EF-2、サイトゾル（CYT）の連結に基づいて、矛盾したオキシモナドの系統発生位置（モノカルコモノイド属）の分析を提示します。HSP70、HSP90、およびユビキチン）および18S rRNA。私たちは、遺伝子が矛盾した位置に関して競合していることを実証します。アルファおよびベータチューブリンの連結は、木の植物クロミスト部分に矛盾した部分に矛盾した部分に配置されましたが、他の遺伝子の連結は、エウグレノゾーンと陽結合の弱い分岐と分岐したメタモナダ（オキシモナド、ディプロモナド、およびパラバサリド）のメタモナダ（矛盾型、ディプロモナド、パラバサリド）を回復しました。分析に含まれる4つの掘削物すべてが含まれているため、掘削機の存在に対する条件付きサポートを提供します。

Circumscribing major eukaryote groups and resolving higher order relationships between them are among the most challenging tasks facing molecular evolutionists. Recently, evidence suggesting a new supergroup (the Excavata) comprising a wide array of flagellates has been collected. This group consists of diplomonads, retortamonads, Carpediemonas, heteroloboseans, Trimastix, jakobids, and Malawimonas, all of which possess a particular type of ventral feeding groove that is proposed to be homologous. Euglenozoans, parabasalids, and oxymonads have also been associated with Excavata as their relationships to one or more core excavate taxa were demonstrated. However, the main barrier to the general acceptance of Excavata is that its existence is founded primarily on cytoskeletal similarities, without consistent support from molecular phylogenetics. In gene trees, Excavata are typically not recovered together. In this paper, we present an analysis of the phylogenetic position of oxymonads (genus Monocercomonoides) based on concatenation of eight protein sequences (alpha-tubulin, beta-tubulin, gamma-tubulin, EF-1alpha, EF-2, cytosolic (cyt) HSP70, HSP90, and ubiquitin) and 18S rRNA. We demonstrate that the genes are in conflict regarding the position of oxymonads. Concatenation of alpha- and beta-tubulin placed oxymonads in the plant-chromist part of the tree, while the concatenation of other genes recovered a well-supported group of Metamonada (oxymonads, diplomonads, and parabasalids) that branched weakly with euglenozoans--connecting all four excavates included in the analyses and thus providing conditional support for the existence of Excavata.