異なるリアルタイムPCRアプローチDNAプールでのSNPの対立遺伝子の微細な定量化：アッセイの開発、特性評価、および前検証

単一ヌクレオチド多型（SNP）は、遺伝子分析で使用される最も一般的なタイプのマーカーになりつつあります。本報告書では、DNAプールのSNPアレルを識別および定量化するリアルタイムPCRの適用性をテストするためにSNPが選択されています。増幅難治性変異システム（ARMS）およびミスマッチ増幅変異アッセイ（MAMA）が適用されています。各アッセイは、特異性とパフォーマンスを事前検証したテスト（線形性、PCR効率、干渉制限、検出限界、定量化の制限、精度と精度）を検証しています。両方のアプローチは、5％から95％の範囲のプールされたDNAサンプルの対立遺伝子頻度の正確かつ正確な推定を実現し、標準的な曲線やキャリブレーターを必要としません。バックグラウンドノイズと大幅に区別できる最低測定は、両方のアプローチで1％前後で決定されており、定量化の範囲を1％から99％に拡張できます。さらに、一般的な診断目的でのリアルタイムPCRアッセイの適用性について説明します。

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are becoming the most common type of markers used in genetic analysis. In the present report a SNP has been chosen to test the applicability of Real Time PCR to discriminate and quantify SNPs alleles on DNA pools. Amplification Refractory Mutation System (ARMS) and Mismatch Amplification Mutation Assay (MAMA) has been applied. Each assay has been pre-validated testing specificity and performances (linearity, PCR efficiency, interference limit, limit of detection, limit of quantification, precision and accuracy). Both the approaches achieve a precise and accurate estimation of the allele frequencies on pooled DNA samples in the range from 5 % to 95 % and don't require standard curves or calibrators. The lowest measurement that could be significantly distinguished from the background noise has been determined around the 1 % for both the approaches, allowing to extend the range of quantifications from 1 % to 99 %. Furthermore applicability of Real Time PCR assays for general diagnostic purposes is discussed.