Pyrococcus C/D Guide RNAの一般的な特徴であるKループは、Kターンに関連するRNA構造モチーフです

ピロコッカスの3種のゲノム配列から予測されたC/DガイドRNAは、rRNAとtRNAのメチル化に関与する小さな非コーディング古細菌RNAのファミリーを描写します。C/Dガイドは、メチルトランスフェラーゼを含むリボ核タンパク質（RNP）に組み立てられます。RNPの重要な構造成分であるタンパク質L7AEは、C/Dモチーフによって形成されたキンクターン（Kターン）に結合します。Kターンは、2つのステムの間に特徴的なシャープベンド（キンク）を備えた短い非対称ループで分離された2つのRNAステムで構成される構造です。Pyrococcal C/Dガイドの大部分には、C '/D'モチーフの間に短い3 NTスペースが含まれています。ここでは、Pyrococcus C/D RNAのC '/D'モチーフによって形成された保存された端子ステムループもL7AE結合部位であることを示します。これらのステムループは、シーケンスと構造によってkターンに関連していますが、端子ループで閉じた単一のステムで構成されています。この構造をKループと名付けました。Kループの茎に保存された非標準塩基対がL7AE結合に必要であることを示します。3 NTスペースを使用したC/Dガイドの場合、シーケンスと長さも重要であることを示します。Kループは、極端な過熱性であるPyrococcal種のC/DガイドRNAの安定性を改善する可能性があります。

The C/D guide RNAs predicted from the genomic sequences of three species of Pyrococcus delineate a family of small non-coding archaeal RNAs involved in the methylation of rRNA and tRNA. The C/D guides assemble into ribonucleoprotein (RNP) that contains the methyltransferase. The protein L7Ae, a key structural component of the RNP, binds to a Kink-turn (K-turn) formed by the C/D motif. The K-turn is a structure that consists of two RNA stems separated by a short asymmetric loop with a characteristic sharp bend (kink) between the two stems. The majority of the pyrococcal C/D guides contain a short 3 nt-spacer between the C'/D' motifs. We show here that conserved terminal stem-loops formed by the C'/D' motif of the Pyrococcus C/D RNAs are also L7Ae-binding sites. These stem-loops are related to the K-turn by sequence and structure, but they consist of a single stem closed by a terminal loop. We have named this structure the K-loop. We show that conserved non-canonical base pairs in the stem of the K-loop are necessary for L7Ae binding. For the C/D guides with a 3 nt-spacer we show that the sequence and length is also important. The K-loop could improve the stability of the C/D guide RNAs in Pyrococcal species, which are extreme hyperthermophiles.