亜硝酸酸化菌の代表としてのニトロバクターとニトロスピラ属：下部セーヌ川沿いの検出、定量化、成長（フランス）

農業と都市の排水からの汚染は、セーヌ川の生態学と生化学的機能に影響を与えます。硝化は、アチェールのパリ廃水処理プラント（wwtp）の排水の下流の窒素変換を支配し、処理し、硝化や脱窒の治療なしに、パリとその郊外からの650万人の住民に相当する廃水を活性スラッジすることにより、治療します。大量の窒素、アンモニウムを含む排水を主に排出します（主に約30 mg（-1）N-NH（4+）L（-1））、平均45 mg L（-1）の懸濁粒子状物質、高量総有機炭素（約30 mg C L（-1））の大部分は生分解性（40％）、および総リンの高濃度（約3 mg TOT P L（-1））、および微生物。川のシステムに持ち込まれたアンモニウムは、セーヌ川下部、特に淡水河口でゆっくりと硝化されています。硝化活性は、無機窒素化合物濃度と潜在的な活動を測定することで観察できます。wwtp排水、上流の農業流出水、およびセーヌ派の支流の貢献を理解するために、細菌群集を調査することが役立ちます。アンモニアの酸化は広く研究されていますが、2番目のステップ、つまり亜硝酸塩酸化はあまり理解されていません。私たちは以前、セーヌのアンモニウム酸化細菌（AOB）コミュニティを分析しました（Cébron、A.、Berthe、T.、Garnier、J.、2003。環境。Microbiol。69、7091-7100;Cébron、A.、Coci、M.、Garnier、J.、Laanbroek、H.J.、2004。パリ廃水排水。Appl。Environ。Microbiol。70、6726-6737）、そしてここでは、亜硝酸酸化細菌（NOB）コミュニティの組成に焦点を当てています。現在、すべての既知のNOBを標的とする一般的な分子プローブは現在利用できないため、淡水環境での亜硝酸塩酸化の主要なプレーヤーであると想定された2つの属Nitrospiraを標的と定量化することを選択しました（競争力のあるPCRによって）。ニトロバクター種は、上流のセーヌ川流域で支配的でしたが、ニトロスピラはWWTPの下流の支配的なNOBでした。これらの2つの属は、wwtp排水に等しく表されていました。セーヌ川河口、特に塩分勾配では、ニトロバクターの割合が増加し、ニトロスピラの割合が消滅し、おそらく海水による希釈が必要です。

Pollution from agriculture and urban effluents influences the ecology and biochemical functioning of the Seine River. Nitrification dominates nitrogen transformations downstream of the effluents of the Paris wastewater treatment plant (WWTP) at Achères, treating, by activated sludge the wastewater of 6.5 million inhabitant equivalents from Paris and its suburbs, without nitrification and denitrification treatment. It discharges effluents containing large amounts of nitrogen, ammonium mostly (approximately 30 mg L(-1) N-NH(4+) L(-1)), on average 45 mg L(-1) of suspended particulate matter, high quantities of total organic carbon (approximately 30 mg C L(-1)) largely biodegradable (40%), and high concentration in total phosphorus ( approximately 3 mg Tot P L(-1)), as well as microorganisms. Ammonium, brought into the river system, is slowly nitrified in the lower Seine River and especially in the freshwater estuary. The nitrifying activities can be observed by measuring inorganic nitrogen compound concentrations and potential activities. To understand the contributions of the WWTP effluents, the upstream agricultural runoff water and the Seine tributaries, it is useful to investigate the bacterial community. Whereas ammonia oxidation has been widely studied, the second step, i.e. nitrite oxidation, is less well understood. We have previously analysed the ammonium-oxidizing bacterial (AOB) community in the Seine (Cébron, A., Berthe, T., Garnier, J., 2003. Nitrification and nitrifying bacteria in the lower Seine River and estuary (France). Appl. Environ. Microbiol. 69, 7091-7100; Cébron, A., Coci, M., Garnier, J., Laanbroek, H.J., 2004. DGGE analysis of the ammonia oxidizing bacterial community structure in the lower Seine River: impact of the Paris wastewater effluents. Appl. Environ. Microbiol. 70, 6726-6737), and focus here on the composition of the nitrite-oxidizing bacterial (NOB) community. As no general molecular probe targeting all known NOBs is currently available, we chose to target and quantify (by competitive PCR) the two genera Nitrobacter and Nitrospira assumed to be the major players in nitrite oxidation in freshwater environments. Nitrobacter species were dominant in the upstream Seine River basin but Nitrospira was the dominant NOB downstream of the WWTP. These two genera were equally represented in WWTP effluents. In the Seine River estuary, especially in the salinity gradient, the Nitrobacter proportion increases and that of Nitrospira disappears, possibly due dilution by seawater.