ウイルス粒子の選択とショットガンシーケンスを使用して、血液中の新規DNAウイルスを発見する方法

新たな脅威の血液供給を監視するには、ウイルスの迅速な識別が必要です。ここでは、これらの基準を満たし、人間の血液から直接培養されていないDNAウイルスのショットガンシーケンスを可能にする方法を提示します。この方法は、シーケンスに依存しない増幅とクローニングを組み合わせたウイルスの物理的特性に基づいて選択を採用しています。このアプローチを使用して、一本鎖DNAウイルスと二本鎖DNAウイルスを血液サンプルから回収できることを示します。さらに、健康なドナーの血液中の新規アネロウイルス配列の発見を報告します。次に、これらの新規アネロウイルス配列を増幅するために設計されたPCRプライマーを使用して、一般的なドナー集団におけるこれらのウイルスの存在を検証しました。

Rapid identification of viruses is needed to monitor the blood supply for emerging threats. Here we present a method that meets these criteria and allows for the shotgun sequencing of novel, uncultured DNA viruses directly from human blood. This method employs selection based on the physical properties of viruses combined with sequence-independent amplification and cloning. We show that both single- and double-stranded DNA viruses can be recovered from blood samples using this approach. In addition, we report the discovery of novel anellovirus sequences in the blood of healthy donors. PCR primers designed to amplify these novel anellovirus sequences were then used to verify the presence of these viruses in the general donor population.