Guugle：G-Uベースペアリングを含むRNA補完ルールの下での高速な正確な一致のユーティリティ

動機：RNA二次構造分析では、多くの場合、大きなシーケンスデータで潜在的なヘリックスを検索する必要があります。 結果：RNAベースペアリングルールの下で潜在的ならせん領域を効率的に特定するユーティリティプログラムのGuugleを提示します。正と負のシーケンスのセットを受け入れ、指定された長さを超える正と負のシーケンスの間のRNAルールの下でのすべての正確な一致を決定します。Guaugleアルゴリズムは、正のシーケンスセットの事前計算された接尾辞アレイを使用するように適合させることもできます。このプログラムは、miRNAターゲット予測など、より計算上の高価なタスクに先行するフィルターとして効果的に使用する方法を示します。 可用性：Guugleは、http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/guugleのBielefeld Bioinformatics Serverから入手できます。

MOTIVATION: RNA secondary structure analysis often requires searching for potential helices in large sequence data. RESULTS: We present a utility program GUUGle that efficiently locates potential helical regions under RNA base pairing rules, which include Watson-Crick as well as G-U pairs. It accepts a positive and a negative set of sequences, and determines all exact matches under RNA rules between positive and negative sequences that exceed a specified length. The GUUGle algorithm can also be adapted to use a precomputed suffix array of the positive sequence set. We show how this program can be effectively used as a filter preceding a more computationally expensive task such as miRNA target prediction. AVAILABILITY: GUUGle is available via the Bielefeld Bioinformatics Server at http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/guugle