擬似エクソンは、ナンセンスを介した崩壊を引き起こす代替エクソンとしても、長さゼロのエクソンとしても機能することが知られている

擬似エクソンは、見かけのコンセンサススプライスサイトが隣接しているが、スプライスされたmRNAでは観察されないイントリックシーケンスです。擬似エクソンは、突然変異によって活性化することがしばしば困難であり、通常、スプライセソームが本物と不可解なスプライス部位をどのように区別するかについての理解に対する概念的な挑戦と見なされてきました。ラットα-トロポミオシン（TM）遺伝子の相互に排他的なエクソン2および3の下流に位置する見かけの擬似エキソンを分析しました。TM Pseudo-Exonは哺乳類の間で保存されており、Pseudo-Exonよりも本物のエクソンの典型的な予測スプライシングエンハンサーとサイレンサーの保存されたプロファイルを持っています。擬似エキソンのスプライシングは、多くの単純な変異によってエクソン3にスプライシングするために完全に活性化されます。Pseudo-exonからExon 3へのスプライシングは、ナンセンス媒介崩壊（NMD）につながると予測されています。対照的に、エクソン2に「予備的」になった場合、エクソン2とのジャンクションで新しく生成された5 'スプライス部位がエクソン4にスプライスされる「ゼロ長さのエクソン」スプライシング経路に従います。ここで例示されているように、エクソンは実際には、包含がNMDにつながる本物の代替エクソンです。

Pseudo-exons are intronic sequences that are flanked by apparent consensus splice sites but that are not observed in spliced mRNAs. Pseudo-exons are often difficult to activate by mutation and have typically been viewed as a conceptual challenge to our understanding of how the spliceosome discriminates between authentic and cryptic splice sites. We have analyzed an apparent pseudo-exon located downstream of mutually exclusive exons 2 and 3 of the rat alpha-tropomyosin (TM) gene. The TM pseudo-exon is conserved among mammals and has a conserved profile of predicted splicing enhancers and silencers that is more typical of a genuine exon than a pseudo-exon. Splicing of the pseudo-exon is fully activated for splicing to exon 3 by a number of simple mutations. Splicing of the pseudo-exon to exon 3 is predicted to lead to nonsense-mediated decay (NMD). In contrast, when "prespliced" to exon 2 it follows a "zero length exon" splicing pathway in which a newly generated 5' splice site at the junction with exon 2 is spliced to exon 4. We propose that a subset of apparent pseudo-exons, as exemplified here, are actually authentic alternative exons whose inclusion leads to NMD.