Flux（1）：フラグメントベースのde novoデザインの仮想合成スキーム

単純な擬似レトロシンセシスを適用することにより、薬物のような分子の断片化により、de novo分子生成の化学的に意味のあるビルディングブロックのストックが得られることが実証されています。リガンドベースの類似性スコアリング（フラックス：フラグメントベースのリガンドビルダーReaxions）と組み合わせた確率的検索アルゴリズムは、テンプレートとして単一の既知の参照化合物を使用して新しい分子の生成を促進しました。この分子アセンブリ法は、受容体構造情報がない場合に適用できます。ケーススタディでは、Imantinib（Gleevec）と因子Xa阻害剤を参照構造として使用しました。アルゴリズムは、テンプレートをゼロから再設計することに成功し、いくつかの代替分子構造を提案しました。得られた設計された分子は化学的に合理的であり、必須の下部構造モチーフが含まれていました。分子記述子の比較は、ホログラフィック記述子がリガンドベースのデノNOVO設計のバイナリフィンガープリントよりも有利である可能性があることを示唆しています。

It is demonstrated that the fragmentation of druglike molecules by applying simplistic pseudo-retrosynthesis results in a stock of chemically meaningful building blocks for de novo molecule generation. A stochastic search algorithm in conjunction with ligand-based similarity scoring (Flux: fragment-based ligand builder reaxions) facilitated the generation of new molecules using a single known reference compound as a template. This molecule assembly method is applicable in the absence of receptor-structure information. In a case study, we used imantinib (Gleevec) and a Factor Xa inhibitor as the reference structures. The algorithm succeeded in redesigning the templates from scratch and suggested several alternative molecular structures. The resulting designed molecules were chemically reasonable and contained essential substructure motifs. A comparison of molecular descriptors suggests that holographic descriptors might be advantageous over binary fingerprints for ligand-based de novo design.