HMGタンパク質、HMO1は、多くのリボソームタンパク質遺伝子のプロモーターと、Saccharomyces cerevisiaeのRRNA遺伝子遺伝子座全体に関連しています

HMGタンパク質は、低い配列特異性を持つDNAに結合する建築タンパク質ですが、ゲノムの位置と生物学的機能についてはほとんど知られていません。Saccharomyces cerevisiaeは、rRNAの最大転写に重要なHMO1を含む10個のHMGタンパク質をコードします。ここでは、マイクロアレイ分析と組み合わせたクロマチン免疫沈降を使用して、HMO1のゲノム全体の関連性を決定します。予想外に、HMO1はほとんどのリボソームタンパク質（RP）遺伝子のプロモーターと、他の多くの特定のゲノム位置に強く結合します。RPプロモーターへのHMO1結合には、RAP1と（程度は低い）FHL1、RPプロモーターにも関連するタンパク質が必要です。FHL1やIFH1と同様に、HMO1は通常、RPプロモーターのIFHLモチーフと関連していますが、IFHLモチーフの削除はHMO1結合に非常に控えめな効果があります。驚くべきことに、HMO1の喪失はFHL1およびIFH1へのRPプロモーターへの結合を廃止しますが、転写活性のレベルに大きな影響を与えません。これらの結果は、RPプロモーターにFHL1とIFH1を含む転写因子複合体のアセンブリにHMO1が必要であり、FHL1およびIFH1以外のタンパク質もRP転写に重要な役割を果たすことを示唆しています。最後に、哺乳類のUBFと同様に、HMO1はRRNA遺伝子遺伝子座の多くの場所に関連しており、RRNA転写におけるその役割に加えてRRNAの処理にとって重要です。HMO1は、RRNAおよびRP遺伝子の転写の調整に役割を果たしていると推測します。

HMG proteins are architectural proteins that bind to DNA with low sequence specificity, but little is known about their genomic location and biological functions. Saccharomyces cerevisiae encodes 10 HMG proteins, including Hmo1, which is important for maximal transcription of rRNA. Here we use chromatin immunoprecipitation coupled with microarray analysis to determine the genome-wide association of Hmo1. Unexpectedly, Hmo1 binds strongly to the promoters of most ribosomal protein (RP) genes and to a number of other specific genomic locations. Hmo1 binding to RP promoters requires Rap1 and (to a lesser extent) Fhl1, proteins that also associate with RP promoters. Hmo1, like Fhl1 and Ifh1, typically associates with an IFHL motif in RP promoters, but deletion of the IFHL motif has a very modest effect on Hmo1 binding. Surprisingly, loss of Hmo1 abolishes binding of Fhl1 and Ifh1 to RP promoters but does not significantly affect the level of transcriptional activity. These results suggest that Hmo1 is required for the assembly of transcription factor complexes containing Fhl1 and Ifh1 at RP promoters and that proteins other than Fhl1 and Ifh1 also play an important role in RP transcription. Lastly, like mammalian UBF, Hmo1 associates at many locations throughout the rRNA gene locus, and it is important for processing of rRNA in addition to its role in rRNA transcription. We speculate that Hmo1 has a role in coordinating the transcription of rRNA and RP genes.