レトロウイルス様遺伝子の獲得または削除によるレトロポソンの進化

レトロイドファミリーは、潜在的な逆転写酵素（RT）をコードするすべての遺伝的要素で構成されています。このファミリーのメンバーには、多様な真核生物の遺伝的要素（ウイルス、転位可能な元素、オルガネライントロン、プラスミド）と原核生物の再送信物が含まれます。いくつかのレトロイド要素には、RT遺伝子に加えて、レトロウイルスと共通の他の遺伝子があります。RTシーケンスの類似性に基づいて、レトロポジングループは、真核生物の長い散在する核要素、（1）ショウジョウバエメラノガスター（IおよびF因子）の転位可能な要素として定義されています（2）トリパノソーマブルーセイ（INGIエレメント）、（3）Zea Mays（CIN4）、（4）Bombyx Mori（R2BMid）酵母ミトコンドリアの。ここに示されているデータは、レトロポソンと他のレトロイドファミリーメンバーとの関係の範囲を解明します。タンパク質シーケンスアライメントデータは、レトロポソンのサブセットがレトロウイルス様遺伝子の異なる品揃えを含んでいることを示しています。カプシド、プロテアーゼ、リボヌクレアーゼH、およびレトロウイルスのインテグレーゼタンパク質といくつかのレトロポソン配列の間で、配列の類似性を検出できます。Retroposon Capsid様シーケンス間の関係は、RT配列系統と一致しています。対照的に、リボヌクレアーゼHシーケンス間の類似性は、レトロポソン系統の異なるサブブランチで異なります。これらのデータは、異種の組換え（すなわち、相同異常な遺伝子による相同居住性遺伝子の置換）および/または独立した遺伝子品種が、レトロゾンの進化に役割を果たしていることを示唆しています。

The retroid family consists of all genetic elements that encode a potential reverse transcriptase (RT). Members of this family include a diversity of eukaryotic genetic elements (viruses, transposable elements, organelle introns, and plasmids) and the retrons of prokaryotes. Some retroid elements have, in addition to the RT gene, other genes in common with the retroviruses. On the basis of RT sequence similarity, the retroposon group is defined as the eukaryotic long interspersed nuclear elements, the transposable elements of (1) Drosophila melanogaster (I and F factors), (2) Trypanosoma brucei (ingi element), (3) Zea mays (Cin4), (4) Bombyx mori (R2Bm), and members of the group II introns and plasmids of yeast mitochondria. The data presented here elucidate the extent of the relationships between the retroposons and other retroid-family members. Protein-sequence alignment data demonstrate that subsets of the retroposons contain different assortments of retroviral-like genes. Sequence similarities can be detected between the capsid, protease, ribonuclease H, and integrase proteins of retroviruses and several retroposon sequences. The relationships among the retroposon capsid-like sequences are congruent with the RT sequence phylogeny. In contrast, the similarity between ribonuclease H sequences varies in different subbranches of the retroposon lineage. These data suggest that xenologous recombination (i.e., the replacement of a homologous resident gene by a homologous foreign gene) and/or independent gene assortment have played a role in the evolution of the retroposons.