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Saccharophagus degradans 2-40（以前の微生物豊かなdegradans 2-40）は、寒天などの多くの複雑な多糖類を分解できる海洋ガンマサブグループのプロテオバクテリウムです。いくつかのアガロ分解系は生化学的に特徴付けられていますが、アガロリティックシステムの遺伝学は部分的にしか決定されていません。ゲノム、プロテオミクス、および遺伝的アプローチを使用することにより、S。degradans2-40のアガロリティック系の成分が特定されました。S. degradans 2-40ゲノムで5つのアガラゼが同定されました。AGA50AおよびAGA50DにはGH50ドメインが含まれます。AGA86CおよびAGA86EにはGH86ドメインが含まれていますが、AGA16BにはGH16ドメインが含まれています。新規ファミリー6炭水化物結合モジュール（CBM6）がAGA16BおよびAGA86Eで同定されました。AGA86Cにはアミノ末端アシル化部位があり、表面関連であることを示唆しています。AGA16B、AGA86C、およびAGA86Eは、寒天栽培細胞の培養ろ液から得られたアガロ溶解率の質量分析により検出されました。削除分析により、アガロースの代謝にAGA50AとAGA86Eが不可欠であることが明らかになりました。AGA16Bは、ベータアガロゼIと同様に、ネオガロテトラースを放出するためにアガロースをエンドリティックに分離することが示されましたが、AGA86Eは溶解的にアガロースを脱分解してネオガロビオースを形成することが実証されました。したがって、S。degradans2-40のアガロ分解系は、分泌されたエンド作動性GH16依存性デポリメラーゼ、表面関連GH50依存性依存性デポリメラーゼ、エクスオ作用GH86依存性アガラーゼ、およびα-ネオガロビオースで構成されていると予測されています。アガロースからガラクトースを放出するヒドロラーゼ。
Saccharophagus degradans 2-40（以前の微生物豊かなdegradans 2-40）は、寒天などの多くの複雑な多糖類を分解できる海洋ガンマサブグループのプロテオバクテリウムです。いくつかのアガロ分解系は生化学的に特徴付けられていますが、アガロリティックシステムの遺伝学は部分的にしか決定されていません。ゲノム、プロテオミクス、および遺伝的アプローチを使用することにより、S。degradans2-40のアガロリティック系の成分が特定されました。S. degradans 2-40ゲノムで5つのアガラゼが同定されました。AGA50AおよびAGA50DにはGH50ドメインが含まれます。AGA86CおよびAGA86EにはGH86ドメインが含まれていますが、AGA16BにはGH16ドメインが含まれています。新規ファミリー6炭水化物結合モジュール（CBM6）がAGA16BおよびAGA86Eで同定されました。AGA86Cにはアミノ末端アシル化部位があり、表面関連であることを示唆しています。AGA16B、AGA86C、およびAGA86Eは、寒天栽培細胞の培養ろ液から得られたアガロ溶解率の質量分析により検出されました。削除分析により、アガロースの代謝にAGA50AとAGA86Eが不可欠であることが明らかになりました。AGA16Bは、ベータアガロゼIと同様に、ネオガロテトラースを放出するためにアガロースをエンドリティックに分離することが示されましたが、AGA86Eは溶解的にアガロースを脱分解してネオガロビオースを形成することが実証されました。したがって、S。degradans2-40のアガロ分解系は、分泌されたエンド作動性GH16依存性デポリメラーゼ、表面関連GH50依存性依存性デポリメラーゼ、エクスオ作用GH86依存性アガラーゼ、およびα-ネオガロビオースで構成されていると予測されています。アガロースからガラクトースを放出するヒドロラーゼ。
Saccharophagus degradans 2-40 (formerly Microbulbifer degradans 2-40) is a marine gamma-subgroup proteobacterium capable of degrading many complex polysaccharides, such as agar. While several agarolytic systems have been characterized biochemically, the genetics of agarolytic systems have been only partially determined. By use of genomic, proteomic, and genetic approaches, the components of the S. degradans 2-40 agarolytic system were identified. Five agarases were identified in the S. degradans 2-40 genome. Aga50A and Aga50D include GH50 domains. Aga86C and Aga86E contain GH86 domains, whereas Aga16B carries a GH16 domain. Novel family 6 carbohydrate binding modules (CBM6) were identified in Aga16B and Aga86E. Aga86C has an amino-terminal acylation site, suggesting that it is surface associated. Aga16B, Aga86C, and Aga86E were detected by mass spectrometry in agarolytic fractions obtained from culture filtrates of agar-grown cells. Deletion analysis revealed that aga50A and aga86E were essential for the metabolism of agarose. Aga16B was shown to endolytically degrade agarose to release neoagarotetraose, similarly to a beta-agarase I, whereas Aga86E was demonstrated to exolytically degrade agarose to form neoagarobiose. The agarolytic system of S. degradans 2-40 is thus predicted to be composed of a secreted endo-acting GH16-dependent depolymerase, a surface-associated GH50-dependent depolymerase, an exo-acting GH86-dependent agarase, and an alpha-neoagarobiose hydrolase to release galactose from agarose.
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