Ligationを介したPCRおよび逆PCRを使用したDNA二本鎖切断と染色体転座の検出

DNA二本鎖切断のグローバルな創造と修復を調べるための現在の手法は、その感度において制限されており、そのような技術は、破損と修復速度または忠実度のサイト依存の変動を隠しています。ここでは、Ligationを介したPCRの適用を通じて、MLL遺伝子を例として使用して、文書化されたDNA休憩の運命を分析するためのシステムを紹介します。ここでは、単純な非対称二本鎖アダプター分子が実験的に誘導されたDNA壊れに連結され、アダプターおよび遺伝子特異的プライマーを使用してセミネストされたPCRを受けます。特定のPCR産物の外観と損失により、休憩とその修復の両方を検出できます。逆PCRの追加手法を使用して、同じサイトで誤った繰り返し製品（転座）の存在を検出し、無傷の細胞におけるライゲーション反応の忠実度に関する情報を提供できます。このような手法は、識別可能なゲノム位置に導入されたDNAブレイクの分析に適応する場合があります。

Current techniques for examining the global creation and repair of DNA double-strand breaks are restricted in their sensitivity, and such techniques mask any site-dependent variations in breakage and repair rate or fidelity. We present here a system for analyzing the fate of documented DNA breaks, using the MLL gene as an example, through application of ligation-mediated PCR. Here, a simple asymmetric double-stranded DNA adapter molecule is ligated to experimentally induced DNA breaks and subjected to seminested PCR using adapter and gene-specific primers. The rate of appearance and loss of specific PCR products allows detection of both the break and its repair. Using the additional technique of inverse PCR, the presence of misrepaired products (translocations) can be detected at the same site, providing information on the fidelity of the ligation reaction in intact cells. Such techniques may be adapted for the analysis of DNA breaks introduced into any identifiable genomic location.