複数の新しい哺乳類カリクレイン遺伝子ファミリーのシリコ同定とベイジアン系統解析

カリクレイン遺伝子ファミリーは、ヒト、マウス、ラット、および個々のカリクレイン様遺伝子のゲノムで以前に特定されてきました。この研究では、最近4つの追加の哺乳類種、チンパンジー、犬、豚、およびオポッサムの4つの追加のゲノムにおけるカリクレイン遺伝子ファミリーのシリコ同定を示しています。系統発生は、ベイジアン分析を使用して、7つの哺乳類ファミリーすべての遺伝子配列で構築され、これらの遺伝子間の進化的関係を明らかにしました。個々の遺伝子配列、および複数の配列の連結コンストラクトが使用されました。15のカリクレイン遺伝子はチンパンジー（パントログロイティス）ゲノムに位置していましたが、ヒトKLK3のオーソログが見つからなかったため、イヌ（カニス馴染みのある）ゲノムでは14しか同定されていませんでした。KLK2およびKLK3とのホモログを欠いていたブタ（SUSSCROFA）ゲノム、およびKLK15からヒトKLK5からオルソログになる11の遺伝子がオポッサム（Monodelphis domestica）ゲノムで発見された13の遺伝子が豚（SUSSCROFA）ゲノムから同定されました。鶏肉（ギャル・ガルス）またはアフリカン・クロウド・カエル（Xenopus tropicalis）の入手可能なゲノム配列からカリクレイン遺伝子は特定されませんでした。Kallikreinsの家族内で、いくつかのサブファミリーが系統解析によって提案されました。1つはKLK4、KLK5、およびKLK14で構成されていました。KLK9、KLK11、およびKLK15のもう1つ。KLK10およびKLK12の3分の1。KLK6およびKLK13の4番目。そして最後に、KLK8と古典的なカリクレインの1つ（KLK1、KLK2、およびKLK3）。

Kallikrein gene families have been identified previously in genomes of the human, the mouse, and the rat, and individual kallikrein-like genes have been found in many more species. This study presents the in silico identification of kallikrein gene families in the recently sequenced genomes of four additional mammalian species, the chimpanzee, the dog, the pig, and the opossum. Phylogenies were constructed with gene sequences from all seven mammalian families, using Bayesian analysis, which clarified the evolutionary relationships between these genes. Individual gene sequences, as well as concatenated constructs of multiple sequences, were used. Fifteen kallikrein genes were located in the chimpanzee (Pan troglodytes) genome, while only 14 were identified in the canine (Canis familiaris) genome as no orthologue to human KLK3 was found. Thirteen genes were identified from the pig (Sus scrofa) genome, which lacked homologues to KLK2 and KLK3, and 11 genes, orthologous to human KLK5 through KLK15, were found in the opossum (Monodelphis domestica) genome. No kallikrein genes were identified from the available genome sequences of the chicken (Gallus gallus) or African clawed frog (Xenopus tropicalis). Within the family of kallikreins several subfamilies were suggested by phylogenetic analysis. One consisted of KLK4, KLK5, and KLK14; another of KLK9, KLK11, and KLK15; a third of KLK10 and KLK12; a fourth of KLK6 and KLK13; and finally one of KLK8 and the classical kallikreins (KLK1, KLK2, and KLK3).