Preditor：タンパク質ねじれ角抑制を予測するためのWebサーバー

毎年500〜1000ペプチドとタンパク質の構造がNMRによって決定され、タンパク質データバンクに堆積しています。ただし、NMR構造の決定のプロセスは、手動で集中的で時間のかかるタスクであり続けています。このプロセスの最も退屈でエラーが発生しやすい側面の1つは、PHI、PSI、オメガ、CHIの角度を含むねじれ角抑制の決定です。ほとんどの方法では、何日もの追加実験、骨の折れる測定、または複雑な計算が必要です。ここでは、このタスクを大幅に加速および簡素化するPreditorと呼ばれるWebサーバーを説明したいと思います。Preditorは、シーケンスおよび/または化学シフトデータを入力として受け入れ、PHI、PSI、オメガ、およびCHI-1角度のねじれ角予測（予測エラーを伴う）を生成します。Preditorは、シーケンスアライメント方法と高度な化学シフト分析手法を組み合わせて、ねじれ角予測を生成します。この方法は高速（タンパク質あたり<40秒）で正確で、PHI/PSI予測の88％が正しい値の30度以内で、CHI-1予測の84％が正しく、オメガ角の99.97％が正しいです。Preditorは、既存の方法よりも35倍高速で、最大20％の精度です。Preditorは、ねじれ角の制約をCNS、Xplor、Amber、Cyanaなどの標準構造精製プログラムに簡単に供給できるように、ねじれ角エラーの正確な評価を提供します。Preditorのその他のユニークな機能には、PDB構造マッピングによる二面角予測、自動化された化学シフトの再参照（精度を改善するため）、Proline CIS/Trans Statesの予測、およびシンプルなユーザーインターフェイスが含まれます。Preditor Webサイトは、http：//wishart.biology.ualberta.ca/preditorにあります。

Every year between 500 and 1000 peptide and protein structures are determined by NMR and deposited into the Protein Data Bank. However, the process of NMR structure determination continues to be a manually intensive and time-consuming task. One of the most tedious and error-prone aspects of this process involves the determination of torsion angle restraints including phi, psi, omega and chi angles. Most methods require many days of additional experiments, painstaking measurements or complex calculations. Here we wish to describe a web server, called PREDITOR, which greatly accelerates and simplifies this task. PREDITOR accepts sequence and/or chemical shift data as input and generates torsion angle predictions (with predicted errors) for phi, psi, omega and chi-1 angles. PREDITOR combines sequence alignment methods with advanced chemical shift analysis techniques to generate its torsion angle predictions. The method is fast (<40 s per protein) and accurate, with 88% of phi/psi predictions being within 30 degrees of the correct values, 84% of chi-1 predictions being correct and 99.97% of omega angles being correct. PREDITOR is 35 times faster and up to 20% more accurate than any existing method. PREDITOR also provides accurate assessments of the torsion angle errors so that the torsion angle constraints can be readily fed into standard structure refinement programs, such as CNS, XPLOR, AMBER and CYANA. Other unique features to PREDITOR include dihedral angle prediction via PDB structure mapping, automated chemical shift re-referencing (to improve accuracy), prediction of proline cis/trans states and a simple user interface. The PREDITOR website is located at: http://wishart.biology.ualberta.ca/preditor.