RAXML-VI-HPC：数千の分類群と混合モデルを使用した最尤ベースの系統解析

非標識：RaxML-VI-HPC（高性能コンピューティングのランダム化されたアクセル化最尤）は、最尤（ML）の大きな系統発生の推論のための連続的かつ並列プログラムです。低レベルの技術的最適化、検索アルゴリズムの変更、およびGTR+ガンマの置換としてのGTR+CAT近似の使用により、以前のバージョンのRAXMLの2.7〜52倍速いプログラムが得られます。Garli、Phyml、IQPNNI、MrBayesとの大規模なパフォーマンスの比較は、1000までの6722分類群を含む実際のデータを示しています。RaxMLは、メインメモリの少なくとも5.6倍少なくなり、最高の競合プログラム（GARLI）よりも同様の時間で優れた木を生成することが示されています。最大2500の分類群までのデータセット。データセット> OR = 4000分類群では、Garliの2〜3倍速く走行します。RAXMLはMPIと並行して、異なる開始ツリーで並行して複数のブートストラップと推論を実施しています。このプログラムは、それぞれ25,057（1463 bp）と2182（51,089 bp）の分類群を含む2つの最大のアラインメントでMLツリーを計算するために使用されています。 可用性：icwww.epfl.ch/~stamatak

UNLABELLED: RAxML-VI-HPC (randomized axelerated maximum likelihood for high performance computing) is a sequential and parallel program for inference of large phylogenies with maximum likelihood (ML). Low-level technical optimizations, a modification of the search algorithm, and the use of the GTR+CAT approximation as replacement for GTR+Gamma yield a program that is between 2.7 and 52 times faster than the previous version of RAxML. A large-scale performance comparison with GARLI, PHYML, IQPNNI and MrBayes on real data containing 1000 up to 6722 taxa shows that RAxML requires at least 5.6 times less main memory and yields better trees in similar times than the best competing program (GARLI) on datasets up to 2500 taxa. On datasets > or =4000 taxa it also runs 2-3 times faster than GARLI. RAxML has been parallelized with MPI to conduct parallel multiple bootstraps and inferences on distinct starting trees. The program has been used to compute ML trees on two of the largest alignments to date containing 25,057 (1463 bp) and 2182 (51,089 bp) taxa, respectively. AVAILABILITY: icwww.epfl.ch/~stamatak