子宮頸がん細胞株の分節コピー数の変化の全ゲ​​ノムタイルパスアレイCGH分析

子宮頸がんは、世界中の女性で2番目に一般的な悪性腫瘍であり、主要な病因薬を構成するヒトパピローマウイルス（HPV）のリスクサブタイプが高くなります。しかし、ウイルスに感染した女性のわずかな割合のみが疾患を発症し、疾患の進行には追加の宿主の遺伝的変化が必要であることを示唆しています。この研究では、CGH分析のために最近開発された全ゲノムタイルパスアレイを使用して、一般的に使用されるモデル頸部癌細胞株のパネルのゲノムを調べました。ゲノムプロファイルの詳細な分析により、従来の細胞遺伝学的方法で見逃されている可能性のある多くの新規異常の検出が可能になりました。合計で、腫瘍形成に潜在的に関与する潜在的なコピー数の変化の27の最小領域が特定されました。興味深いことに、前駆体病変の浸潤性子宮頸がんへの進行に関連する3Qゲインの細かいマッピングは、以前の候補とは異なる遺伝子を抱える変質の最小領域を特定しました。11Q22のBIRCとMMP遺伝子クラスターの両方のコンプル化を含む遺伝子増幅の新しい領域も明らかでした。最後に、HPV統合の部位でのゲノム構造の特性評価により、SIHAとSW756の両方でウイルスホストゲノム境界の間の宿主細胞配列のコピー数ゲインが特定され、子宮頸がんを開始する遺伝的異常の発達におけるHPV統合の直接的な役割が示唆されました。。この研究は、これまでの子宮頸がんゲノムの最も高い解像度の外観を表し、これらの癌細胞株の変化状態の決定的な特性評価を提供します。

Cervical cancer is the second most common malignancy in women worldwide, with high risk subtypes of human papillomavirus (HPV) constituting the major etiological agent. However, only a small percentage of women infected by the virus develop disease, suggesting that additional host genetic alterations are necessary for disease progression. In this study we examined the genomes of a panel of commonly used model cervical cancer cell lines using a recently developed whole genome tiling path array for CGH analysis. Detailed analysis of genomic profiles enabled the detection of many novel aberrations, which may have been missed by conventional cytogenetic methods. In total, 27 minimal regions of recurrent copy number alteration were identified that are potentially involved in tumorigenesis. Interestingly, fine mapping of the 3q gain, which is associated with the progression of precursor lesions to invasive cervical cancer, identified a minimal region of alteration harboring genes distinct from previous candidates. Novel regions of gene amplification, including the coamplification of both the Birc and MMP gene clusters on 11q22, were also evident. Lastly, characterization of genomic structure at sites of HPV integration identified the copy number gain of host cellular sequences between the viral-host genomic boundaries in both SiHa and SW756, suggesting a direct role for HPV integration in the development of genetic abnormalities that initiate cervical cancer. This work represents the highest resolution look at a cervical cancer genome to date and offers definitive characterization of the alteration status of these cancer cell lines.