NCBI Geo：数千万の発現プロファイルをマイニングする - databaseとツールの更新

National Center for Biotechnology Information（NCBI）アーカイブの遺伝子発現Omnibus（GEO）リポジトリは、科学コミュニティによって生成されたマイクロアレイおよびその他の形態のハイスループットデータを自由に広めます。データベースには、完全に注釈された生データと処理されたデータをキャプチャするマイクロアレイ実験（MIAME） - 統合インフラストラクチャに関する最小情報があります。Webフォーム、スプレッドシート、XML、テキスト（ソフト）のシンプルなOmnibus形式など、いくつかのデータデポジットオプションとフォーマットがサポートされています。データストレージに加えて、ユーザーに優しいWebベースのインターフェイスとアプリケーションのコレクションを利用でき、ユーザーがGEOに保存されている数千の実験と数千万の遺伝子発現パターンを効果的に調査、視覚化、ダウンロードできます。このペーパーでは、GEOデータベース構造とユーザー機能の概要を説明し、データベースの設計、パフォーマンス、提出形式オプション、データクエリ、検索ユーティリティの最近の拡張機能について説明します。Geoはhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/でアクセスできます

The Gene Expression Omnibus (GEO) repository at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) archives and freely disseminates microarray and other forms of high-throughput data generated by the scientific community. The database has a minimum information about a microarray experiment (MIAME)-compliant infrastructure that captures fully annotated raw and processed data. Several data deposit options and formats are supported, including web forms, spreadsheets, XML and Simple Omnibus Format in Text (SOFT). In addition to data storage, a collection of user-friendly web-based interfaces and applications are available to help users effectively explore, visualize and download the thousands of experiments and tens of millions of gene expression patterns stored in GEO. This paper provides a summary of the GEO database structure and user facilities, and describes recent enhancements to database design, performance, submission format options, data query and retrieval utilities. GEO is accessible at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/