SNO/Scarnabase：小さな核小体RNAおよびカジャル体特異的RNAのためのキュレーションデータベース

小さな核小体RNA（角）およびカジャル体特異的RNA（スカーナ）は、それぞれ核小体およびカハル体（核形成に存在する保存された核核オルガネラ）内の細胞内局在にちなんで命名されています。彼らは、rRNA、tRNA、snRNA、さらにはmRNAの修飾と処理において重要な役割を果たすことがわかっています。すべてのスノーナは、明確なシーケンスと二次構造の特徴に従って、ボックスC/DスノーナとボックスH/ACAスノルナの2つのカテゴリに分類されます。ボックスC/DスノーナとボックスH/ACAスノルナは、主に2'-O-リボースのメチル化と擬似性を誘導することで機能します。スカーナは、ボックスC/D SnornaとBox H/ACA Snornaシーケンスモチーフの両方の機能を備えていますが、RNAポリメラーゼIIによって転写されるSnRNA修飾をガイドします。ここでは、より包括的な知識ベースを提供するという点で、SNO/Scarnabaseと呼ばれるWebベースのSNO/Scarnaデータベースを提示して、Sno/Scarnabaseと呼ばれます。85の生物に由来する1979年の記録を初めてカバーしたSNO/Scarnabaseは、さまざまなSNO/SCARNAの側面に焦点を当てた既存の生物特異的SNO/SCARNAデータベース間のギャップを埋めるだけでなく、SNO/SCARNAの科学者にも提供することに専念しています。SNO/スカラナに統一された命名法を採用する機会。系統的な文献のキュレーションと注釈の取り組みに由来するSNO/Scarnabaseは、シーケンスモチーフ、可能な機能、ホモログ、二次構造、ゲノミクス組織、SNO/SCARNA遺伝子の染色体の位置などの重要なSNO/SCRANA機能への使いやすいゲートウェイを提供します。、そしてもっと。概算検索は、正確で簡単な検索に加えて、データベース検索をより柔軟にします。すべてのSNO/Scarnabaseシーケンスに対してクエリシーケンスの爆発を可能にするために、ブラスト検索エンジンが実装されています。したがって、私たちのSNO/Scarnabaseは、SNO/Scarna研究のためのより均一でフレンドリーなプラットフォームとして機能します。データベースはhttp://gene.fudan.sh.cn/snornabase.nsfで無料で入手できます。

Small nucleolar RNAs (snoRNAs) and Cajal body-specific RNAs (scaRNAs) are named for their subcellular localization within nucleoli and Cajal bodies (conserved subnuclear organelles present in the nucleoplasm), respectively. They have been found to play important roles in rRNA, tRNA, snRNAs, and even mRNA modification and processing. All snoRNAs fall in two categories, box C/D snoRNAs and box H/ACA snoRNAs, according to their distinct sequence and secondary structure features. Box C/D snoRNAs and box H/ACA snoRNAs mainly function in guiding 2'-O-ribose methylation and pseudouridilation, respectively. ScaRNAs possess both box C/D snoRNA and box H/ACA snoRNA sequence motif features, but guide snRNA modifications that are transcribed by RNA polymerase II. Here we present a Web-based sno/scaRNA database, called sno/scaRNAbase, to facilitate the sno/scaRNA research in terms of providing a more comprehensive knowledge base. Covering 1979 records derived from 85 organisms for the first time, sno/scaRNAbase is not only dedicated to filling gaps between existing organism-specific sno/scaRNA databases that are focused on different sno/scaRNA aspects, but also provides sno/scaRNA scientists with an opportunity to adopt a unified nomenclature for sno/scaRNAs. Derived from a systematic literature curation and annotation effort, the sno/scaRNAbase provides an easy-to-use gateway to important sno/scaRNA features such as sequence motifs, possible functions, homologues, secondary structures, genomics organization, sno/scaRNA gene's chromosome location, and more. Approximate searches, in addition to accurate and straightforward searches, make the database search more flexible. A BLAST search engine is implemented to enable blast of query sequences against all sno/scaRNAbase sequences. Thus our sno/scaRNAbase serves as a more uniform and friendly platform for sno/scaRNA research. The database is free available at http://gene.fudan.sh.cn/snoRNAbase.nsf.