転写産物ヘアピン構造は、e coli rnase p rna、m1 rnaをコードする遺伝子で一時停止するRNAポリメラーゼには必要ありません

リボヌクレアーゼPの触媒M1 RNAサブユニットをコードする大腸菌RNPB遺伝子のin vitro転写中に、転写スタートと比較してヌクレオチド+118および+121で強力な一時停止が発生します。これらのポースは、2つの系統発生的に保存された幹ゆるい構造の2つの下流にあります。RNA。現在の作業では、ヘアピンでワトソンクリックベースペアリングを混乱させたシングルベースの変更がRNPBに導入されました。これらの修正されたテンプレートを使用したin vitroでの転写研究により、ヌクレオチドの変化はいずれも、最初のヘアピンの安定性を増加または減少させると予測されていないことが明らかになりました。2番目のヘアピンを破壊した突然変異により、一時停止の半減期が2倍に増加しました。データは、転写産物の上流のステムとループ構造が一時停止イベントに関与していないことを示唆しています。

Strong pauses at nucleotides +118 and +121 relative to the transcriptional start occur during in vitro transcription of the E. coli rnpB gene encoding the catalytic M1 RNA subunit of Ribonuclease P. These pauses are immediately downstream of 2 phylogenetically conserved stem-loop structures in the RNA. In the present work, single-base changes which disrupted Watson-Crick base-pairing in the hairpins were introduced into rnpB. Transcription studies in vitro with these modified templates revealed that none of the nucleotide changes predicted to increase or decrease the stability of the first hairpin significantly affected the pause half-lives. A mutation which disrupted the second hairpin increased the pause half-life 2-fold. The data suggest that the upstream stem and loop structures in the transcript are not involved in the pausing event.