TDNA遺伝子座の多型と外染色体DNA挿入ホットスポットは、大腸菌株の系統発生群に関連しています

TRNAエンコード遺伝子（TDNA）は、ゲノム島を含む外染色体DNA（ECDNA）の統合のためのホットスポットです。ただし、現在、Escherichia coliへのこのような挿入によって標的とされることが知られている遺伝子座はごくわずかです。したがって、TDNAの完全性のPCRベースのスクリーニングは、最も頻繁に無傷のTDNA遺伝子座と好ましいecDNA挿入部位を特定するために、大腸菌株のコレクションで実行されました。TDNAのサブセットのみがEcdna挿入のホットスポットであり、遺伝子座の大部分がそのような挿入によって決して標的にされていないことが示されました。頻繁に使用されるコドンを認識するTRNAをコードする高度に転写されたTDNAまたはTDNA、または一般に、ECDNA挿入の標的はありませんでした。最も興味深いことに、異なるECORグループの株は、TDNA局所多型の異なるパターンを示しました。異なる病原型の株の間でも、より微妙な違いが観察されました。

tRNA-encoding genes (tDNA) are known hot-spots for the integration of ecto-chromosomal DNA (ECDNA) including genomic islands. However, only a few loci are currently known to be targeted by such insertions in Escherichia coli. A PCR-based screening of tDNA integrity was therefore performed on a collection of E. coli strains in order to identify tDNA loci that are most frequently intact and those that are preferred ECDNA insertion sites. It was shown that only a subset of tDNAs were hot-spots for ECDNA insertions, and that the majority of loci were never targeted by such insertions. Polycistronic tDNAs, highly transcribed tDNAs or tDNAs encoding tRNAs recognizing frequently used codons were generally not targeted by ECDNA insertions. Most interestingly, strains of different ECOR groups showed different patterns of tDNA loci polymorphism. More subtle differences were also observed between strains of different pathotypes.