一本鎖DNA結合タンパク質の存在下でのreca-ssdnaフィラメントスーパーコイル

原子間力顕微鏡（AFM）を使用して、一本鎖DNA結合（SSB）タンパク質の存在下で、Reca-Single-Stranded DNA（Reca-ssdna）フィラメントが左利きのバンドルに組織されていることがわかります。SSBが反応から除外されたときに形成された以前に報告された障害凝集体。さらに、2つのフィラメントの束に左利きと右利きの両方が見られます。これらの2本のファイルのスーパーコイル、個々のフィラメント、およびその他の小さな束は、さらに複雑なバンドルにさらに整理し、全体的な左利きを示しており、スーパーコイルがreca-ssdnaフィラメントには存在しないと推定される以前の議論では説明できません。しかし、この新しい発見と、Reca-Double-stranded DNA（Reca-dsDNA）フィラメントのスーパーコイルに関する以前の結果は、互いに一致しており、完全にコーティングされた形のReca-DNAフィラメントの本質的な傾向によって説明できます。、フィラメント内のDNA（ssDNAまたはdsDNA）とは無関係に、ヘリカルバンドルに自分自身を注文します。Reca-Recaの相互作用はバンドルプロセスを支配する可能性がありますが、フィラメント内のDNAの元の立体構造やその他の要因（フィラメントの機械的特性、フィラメントの濃度、およびMg（2+）濃度）は、外観とピッチの変動の変化に寄与する可能性があります。スーパーコイル。Reca-DNAフィラメントが秩序あるスーパーコイルを形成する傾向と鎖交換中のそれらの存在は、スーパーコイル化されたフィラメントの生物学的重要性の可能性を示唆しています。

Using atomic force microscopy (AFM), we find that RecA-single-stranded DNA (RecA-ssDNA) filaments, in the presence of single-stranded DNA-binding (SSB) protein, organize into left-handed bundles, which differ from the previously reported disordered aggregates formed when SSB is excluded from the reaction. In addition, we see both left- and right-handedness on bundles of two filaments. These two-filament supercoils, individual filaments, and other smaller bundles further organize into more complicated bundles, showing overall left-handedness which cannot be explained by earlier arguments that presumed supercoiling is absent in RecA-ssDNA filaments. This novel finding and our previous results regarding supercoiling of RecA-double-stranded DNA (RecA-dsDNA) filaments are, however, consistent with each other and can possibly be explained by the intrinsic tendency of RecA-DNA filaments, in their fully coated form, to order themselves into helical bundles, independent of the DNA inside the filaments (ssDNA or dsDNA). RecA-RecA interactions may dominate the bundling process, while the original conformation of DNA inside filaments and other factors (mechanical properties of filaments, concentration of filaments, and Mg(2+) concentration) could contribute to the variation in the appearance and pitch of supercoils. The tendency of RecA-DNA filaments to form ordered supercoils and their presence during strand exchange suggest a possible biological importance of supercoiled filaments.