YY1、YY2、およびREX1のDNA結合モチーフの再展開と進化

YY1は、脊椎動物と無脊椎動物の両方に見られるDNA結合転写因子です。データベース検索では、空飛ぶ昆虫からヒトに至るまで、利用可能なすべてのゲノム配列から62のYY1関連シーケンスが特定されました。これらの配列は、予測されたタンパク質の亜鉛フィンガーDNA結合ドメインの66％から100％の類似性の範囲の高レベルの配列保存によって特徴付けられます。系統解析では、ハエ、魚、哺乳類など、いくつかの異なる系統におけるYY1の重複イベントを明らかにします。retropositionは、ハエで1つの重複、PhoからのPhol、および胎盤哺乳類の2つの重複、YY2、およびYY1から発現1（REX1）の減少を生成する責任があります。DNA結合モチーフ研究により、YY2は依然としてYY1と同じコンセンサスシーケンスに結合しているが、親和性がはるかに低いことが実証されています。対照的に、Rex1はYY1から発散するDNAモチーフに結合しますが、Rex1とYY1の結合モチーフは、コア領域（5'-CCAT-3 '）である程度の類似性を共有します。これは、類似のレクロポジションイベントを通じて生成された2つの複製YY2とREX1が、胎盤哺乳類の新しい役割に適応するために異なる選択スキームを受けていることを示唆しています。全体として、すべての胎盤哺乳類におけるYY2とREX1の保存は、各複製がユースヘア哺乳類のいくつかのユニークな特徴と共進化していると予測しています。

YY1 is a DNA-binding transcription factor found in both vertebrates and invertebrates. Database searches identified 62 YY1 related sequences from all the available genome sequences ranging from flying insects to human. These sequences are characterized by high levels of sequence conservation, ranging from 66% to 100% similarity, in the zinc finger DNA-binding domain of the predicted proteins. Phylogenetic analyses uncovered duplication events of YY1 in several different lineages, including flies, fish and mammals. Retroposition is responsible for generating one duplicate in flies, PHOL from PHO, and two duplicates in placental mammals, YY2 and Reduced Expression 1 (REX1) from YY1. DNA-binding motif studies have demonstrated that YY2 still binds to the same consensus sequence as YY1 but with much lower affinity. In contrast, REX1 binds to DNA motifs divergent from YY1, but the binding motifs of REX1 and YY1 share some similarity at their core regions (5'-CCAT-3'). This suggests that the two duplicates, YY2 and REX1, although generated through similar retroposition events have undergone different selection schemes to adapt to new roles in placental mammals. Overall, the conservation of YY2 and REX1 in all placental mammals predicts that each duplicate has co-evolved with some unique features of eutherian mammals.