GSEA-P：遺伝子セット濃縮分析用のデスクトップアプリケーション

非標識：遺伝子セット濃縮分析（GSEA）は、先験的に定義された遺伝子のセットが統計的に有意な一致する2つの生物学的状態間の違いを示すかどうかを評価する計算方法です。先端分析コンポーネントの追加、分子シグネチャデータベース（MSIGDB）とのシームレスな統合、およびアンドユーザーが遺伝子セットを検索し、それらをさまざまなマイクロアレイプラットフォーム形式にマッピングできるようにする組み込みブラウザ。この機能により、ユーザーはGSEAでの分析のためにMSIGDBから遺伝子セットを直接インポートできます。また、GSEA-P 2.0の視覚化を改善し、遺伝子セットカードと呼ばれる新しい形式の簡潔な遺伝子セット注釈へのリンクを追加しました。これらの追加と、過去1年間ソフトウェアをダウンロードした3500人以上のユーザーが提案したその他の改善は、GSEA-P Javaデスクトッププログラムのこの新しいリリースに組み込まれています。 可用性：GSEA-P 2.0はアカデミックユーザーおよび商業ユーザーが自由に利用でき、http：//www.broad.mit.edu/gseaからダウンロードできます。

UNLABELLED: Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that assesses whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states. We report the availability of a new version of the Java based software (GSEA-P 2.0) that represents a major improvement on the previous release through the addition of a leading edge analysis component, seamless integration with the Molecular Signature Database (MSigDB) and an embedded browser that allows users to search for gene sets and map them to a variety of microarray platform formats. This functionality makes it possible for users to directly import gene sets from MSigDB for analysis with GSEA. We have also improved the visualizations in GSEA-P 2.0 and added links to a new form of concise gene set annotations called Gene Set Cards. These additions, as well as other improvements suggested by over 3500 users who have downloaded the software over the past year have been incorporated into this new release of the GSEA-P Java desktop program. AVAILABILITY: GSEA-P 2.0 is freely available for academic and commercial users and can be downloaded from http://www.broad.mit.edu/GSEA