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二次元電気泳動（2DE）は、タンパク質の複雑な混合物を分離するための強力な方法です。ただし、標準的な手順は、高濃度のプロテオグリカン、ポリアニオングリコサミノグリカン鎖を含む関節軟骨の分析に適していません。塩化セチルピリジニウムによる沈殿により、プロテオグリカンを選択的に除去する方法を開発しました。その後、残留軟骨タンパク質は従来の2DE分析に適しています。この方法を使用して、再現可能な2Dパターンは、関節軟骨によって分泌されるタンパク質から取得できます。分離されたタンパク質は、代謝放射標識と銀染色によって視覚化され、トリプシンでゲルで消化され、タンデム質量分析で識別されます。
二次元電気泳動（2DE）は、タンパク質の複雑な混合物を分離するための強力な方法です。ただし、標準的な手順は、高濃度のプロテオグリカン、ポリアニオングリコサミノグリカン鎖を含む関節軟骨の分析に適していません。塩化セチルピリジニウムによる沈殿により、プロテオグリカンを選択的に除去する方法を開発しました。その後、残留軟骨タンパク質は従来の2DE分析に適しています。この方法を使用して、再現可能な2Dパターンは、関節軟骨によって分泌されるタンパク質から取得できます。分離されたタンパク質は、代謝放射標識と銀染色によって視覚化され、トリプシンでゲルで消化され、タンデム質量分析で識別されます。
Two-dimensional electrophoresis (2DE) is a powerful method for separation of complex mixtures of proteins. The standard procedure is not, however, well suited to analysis of articular cartilage, which contains high concentrations of proteoglycans, the polyanionic glycosaminoglycan chains of which interfere with isoelectric focusing. We have developed a method for selective removal of proteoglycans by precipitation with cetylpyridinium chloride, after which the residual cartilage proteins are amenable to conventional 2DE analysis. Using this method, reproducible 2D-patterns can be obtained from proteins secreted by articular cartilage. The separated proteins may then be visualized by metabolic radiolabeling and silver staining, digested in gel with trypsin, and identified by tandem mass spectrometry.
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