Inparanoid 6：インパラログを伴う真核生物のオルソログクラスター

Inparanoid真核生物オーソログデータベース（http://inparanoid.sbc.su.se/）はバージョン6に更新されており、現在35種に基づいています。利用可能なすべての「完全な」真核生物プロテオームと大腸菌を収集し、インパーノイドプログラムを使用して595種すべてのペアについてオーソロググループを計算しました。これにより、合計2 642 187ペアワイズオーソロググループが生まれました。オルソロジーベースの種の関係は、オルソフィログラムで提示されます。Inparanoidクラスターには、2つの種のそれぞれから1つ以上のオーソログが含まれています。同じ種の複数のオルソログ、すなわち、種の発散後の遺伝子の重複に起因します。ユーザーとシステムの更新の両方に最適化された新しいInparanoid Webサイトが開発されました。XML出力形式は、インパーノイドオルソログクラスターの効率的な処理のために改善されました。

The InParanoid eukaryotic ortholog database (http://InParanoid.sbc.su.se/) has been updated to version 6 and is now based on 35 species. We collected all available 'complete' eukaryotic proteomes and Escherichia coli, and calculated ortholog groups for all 595 species pairs using the InParanoid program. This resulted in 2 642 187 pairwise ortholog groups in total. The orthology-based species relations are presented in an orthophylogram. InParanoid clusters contain one or more orthologs from each of the two species. Multiple orthologs in the same species, i.e. inparalogs, result from gene duplications after the species divergence. A new InParanoid website has been developed which is optimized for speed both for users and for updating the system. The XML output format has been improved for efficient processing of the InParanoid ortholog clusters.