C Elegansの定量的SOD遺伝子発現解析のための信頼できる参照遺伝子の選択と検証

背景：線虫caenorhabditis elegansでは、保存されたINS/IGF-1シグナル伝達経路は、寿命、ストレス反応、ダウアーの障害、代謝など、多くの生物学的プロセスを調節します。差次的に発現した遺伝子の検出は、INS/IGF-1シグナル伝達経路がこれらのプロセスを調節するメカニズムのより良い理解に寄与する可能性があります。適切な正規化は、遺伝子発現レベルの正確で再現可能な定量化を取得するための不可欠な前提条件です。この研究の目的は、C。elegansの遺伝子発現分析のための信頼できる一連の参照遺伝子を確立することでした。 結果：リアルタイムの定量的PCRを使用して、12の候補参照遺伝子の発現安定性を評価しました（ACT-1、AMA-1、CDC-42、CSQ-1、EIF-3.C、MDH-1、GPD-2、GPD-2、PMP-3、TBA-1、Y45F10D.4、RGS-6、およびUNC-16）野生型、3つのINS/IGF-1経路変異体、DauersおよびL3段階の幼虫。Genorm分析後、CDC-42、PMP-3、Y45F10D.4は最も安定した発現パターンを示し、5つのSOD発現レベルを正常化するために使用されました。Dauers SOD-1では、SOD-1、SOD-3、SOD-4、およびSOD-5では、野生型動物と比較してDAF-2のSOD-1およびSOD-3でmRNAレベルの有意差が観察されました。ステージ幼虫。 結論：我々の発見は、安定して発現した参照遺伝子を使用した正確な正規化の重要性を強調しています。この研究で使用される方法論は、一般に、定量的PCRを使用して線虫C. elegansの遺伝子発現レベルを確実に定量化するために適用できます。

BACKGROUND: In the nematode Caenorhabditis elegans the conserved Ins/IGF-1 signaling pathway regulates many biological processes including life span, stress response, dauer diapause and metabolism. Detection of differentially expressed genes may contribute to a better understanding of the mechanism by which the Ins/IGF-1 signaling pathway regulates these processes. Appropriate normalization is an essential prerequisite for obtaining accurate and reproducible quantification of gene expression levels. The aim of this study was to establish a reliable set of reference genes for gene expression analysis in C. elegans. RESULTS: Real-time quantitative PCR was used to evaluate the expression stability of 12 candidate reference genes (act-1, ama-1, cdc-42, csq-1, eif-3.C, mdh-1, gpd-2, pmp-3, tba-1, Y45F10D.4, rgs-6 and unc-16) in wild-type, three Ins/IGF-1 pathway mutants, dauers and L3 stage larvae. After geNorm analysis, cdc-42, pmp-3 and Y45F10D.4 showed the most stable expression pattern and were used to normalize 5 sod expression levels. Significant differences in mRNA levels were observed for sod-1 and sod-3 in daf-2 relative to wild-type animals, whereas in dauers sod-1, sod-3, sod-4 and sod-5 are differentially expressed relative to third stage larvae. CONCLUSION: Our findings emphasize the importance of accurate normalization using stably expressed reference genes. The methodology used in this study is generally applicable to reliably quantify gene expression levels in the nematode C. elegans using quantitative PCR.