in vivoでのRNAタンパク質関連を決定するためのRNA免疫沈降

クロマチン免疫沈降（CHIP）と同様に、RNA免疫沈降（RIP）を使用して、この場合はRNA上の個々のタンパク質と特定の核酸領域との関連を検出できます。生細胞はホルムアルデヒドで処理され、in vivoに近接している分子間でタンパク質-RNA架橋を生成します。特定のタンパク質と架橋するRNA配列は、タンパク質の免疫沈降により分離され、ホルムアルデヒド架橋の逆転により、逆転写PCRによる免疫沈降RNAの回復と定量分析が可能になります。RIPの基本は、チップの基本と非常によく似ていますが、いくつかの重要な警告があります。このユニットは、Saccharomyces cerevisiaeのRIP手順について説明しています。後生動物細胞の対応する手順はまだ解決されていませんが、酵母の処置は他の生物で使用するために簡単に適応できる可能性があります。

Similar to chromatin immunoprecipitation (ChIP), RNA immunoprecipitation (RIP) can be used to detect the association of individual proteins with specific nucleic acid regions, in this case on RNA. Live cells are treated with formaldehyde to generate protein-RNA cross-links between molecules that are in close proximity in vivo. RNA sequences that cross-link with a given protein are isolated by immunoprecipitation of the protein, and reversal of the formaldehyde cross-linking permits recovery and quantitative analysis of the immunoprecipitated RNA by reverse transcription PCR. The basics of RIP are very similar to those of ChIP, but with some important caveats. This unit describes the RIP procedure for Saccharomyces cerevisiae. Although the corresponding steps for metazoan cells have not yet been worked out, it is likely that the yeast procedure can easily be adapted for use in other organisms.