uniprotkb/swiss-prot

スイスのバイオインフォマティクス研究所（SIB）、欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）、およびタンパク質情報リソース（PIR）は、ユニバーサルタンパク質リソース（UNIPROT）コンソーシアムを形成しています。その主な目標は、科学コミュニティにタンパク質シーケンスと機能情報の中心的なリソースを提供することです。Uniprotコンソーシアムは、Uniprot KnowledgeBase（UNIProtKB）と、Uniprotリファレンスクラスター（UNIREF）およびUniprotアーカイブ（UNIPARC）を含むいくつかの補足データベースを維持しています。（1）uniprotKBは、2つのセクションで構成される包括的なタンパク質シーケンスナレッジベースです。UniprotKB/Swiss-Protには、手動で注釈付きのエントリを含むuniprotkb/Swiss-protと、コンピューターが解決したエントリを含むuniprotkb/tremblが含まれます。UniprotKB/Swiss-Protエントリには、生物学者によってキュレーションされた情報が含まれており、ユーザーに約100の外部データベースへのクロスリンクを提供し、追加情報またはツールにアクセスできます。（2）UNIREFデータベース（UNIREF100、UNIREF90、およびUNIREF50）は、100、90、または50％の同一性を共有するタンパク質配列のクラスターを定義します。（3）UniPARCデータベースは、UniprotKBから除外された時代遅れのデータを含む、すべて公開されているタンパク質シーケンスデータをすべてマップし、マッピングします。Uniprotデータベースには、オンラインで（http://www.uniprot.org/）にアクセスするか、いくつかの形式（ftp://ftp.uniprot.org/pub）でダウンロードできます。2週間ごとに新しいリリースが公開されます。この章の目的は、植物タンパク質注釈の特異性に特に注意を払って、Uniprotkb/Swiss-Protのエントリのガイド付きツアーを紹介することです。また、各エントリにリンクされているツールとデータベースの一部を提示します。

The Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), the European Bioinformatics Institute (EBI), and the Protein Information Resource (PIR) form the Universal Protein Resource (UniProt) consortium. Its main goal is to provide the scientific community with a central resource for protein sequences and functional information. The UniProt consortium maintains the UniProt KnowledgeBase (UniProtKB) and several supplementary databases including the UniProt Reference Clusters (UniRef) and the UniProt Archive (UniParc). (1) UniProtKB is a comprehensive protein sequence knowledgebase that consists of two sections: UniProtKB/Swiss-Prot, which contains manually annotated entries, and UniProtKB/TrEMBL, which contains computer-annotated entries. UniProtKB/Swiss-Prot entries contain information curated by biologists and provide users with cross-links to about 100 external databases and with access to additional information or tools. (2) The UniRef databases (UniRef100, UniRef90, and UniRef50) define clusters of protein sequences that share 100, 90, or 50% identity. (3) The UniParc database stores and maps all publicly available protein sequence data, including obsolete data excluded from UniProtKB. The UniProt databases can be accessed online (http://www.uniprot.org/) or downloaded in several formats (ftp://ftp.uniprot.org/pub). New releases are published every 2 weeks. The purpose of this chapter is to present a guided tour of a UniProtKB/Swiss-Prot entry, paying particular attention to the specificities of plant protein annotation. We will also present some of the tools and databases that are linked to each entry.