JCoast-データマイニングと原核生物（META）ゲノムの比較のための生物学者中心のソフトウェアツール

背景：現在のシーケンス技術により、ゲノムとメタゲノムのシーケンス情報に途方もない速度でアクセスできます。その後のデータ処理は、主にシーケンスセンターが提供する自動パイプラインによって実行されます。標準化されたワークフローは、多くの点で望ましく、有用です、合理的なデータマイニング、比較ゲノミクス、特に生物学的文脈におけるシーケンス情報の解釈は、直感的で柔軟な、拡張可能なソリューションの要求です。 結果：JCoastソフトウェアツールは、主に原核生物のゲノム配列を分析および比較するために設計されました。事前に計算されたGendBデータベースプロジェクトに基づいて、JCoastは柔軟なグラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）と、バックエンドデータアクセスを容易にするアプリケーションプログラミングインターフェイス（API）を提供します。JCoastは、個々のゲノム、メタゲノム分析を提供し、生物学者を大規模で複雑なデータセットの探求に支援します。 結論：JCoastは、（META）ゲノムデータのマイニング、注釈、および解釈に必要なすべての機能を組み合わせます。軽量ソフトウェアソリューションにより、ユーザーは、生物学的質問に答えるためにプログラミングとグラフィカルなユーザーインターフェイスを提供することにより、高度なバックエンドデータベース構造を簡単に利用できます。JCoastはプロジェクトのホームページで入手できます。

BACKGROUND: Current sequencing technologies give access to sequence information for genomes and metagenomes at a tremendous speed. Subsequent data processing is mainly performed by automatic pipelines provided by the sequencing centers. Although, standardised workflows are desirable and useful in many respects, rational data mining, comparative genomics, and especially the interpretation of the sequence information in the biological context, demands for intuitive, flexible, and extendable solutions. RESULTS: The JCoast software tool was primarily designed to analyse and compare (meta)genome sequences of prokaryotes. Based on a pre-computed GenDB database project, JCoast offers a flexible graphical user interface (GUI), as well as an application programming interface (API) that facilitates back-end data access. JCoast offers individual, cross genome-, and metagenome analysis, and assists the biologist in exploration of large and complex datasets. CONCLUSION: JCoast combines all functions required for the mining, annotation, and interpretation of (meta)genomic data. The lightweight software solution allows the user to easily take advantage of advanced back-end database structures by providing a programming and graphical user interface to answer biological questions. JCoast is available at the project homepage.