根茎科のゲノム：サイズ、安定性、およびめったに制限の切断エンドヌクレアーゼ

根茎科の高解像度の遺伝的または物理的マップの欠如は、この農学的に重要な細菌ファミリーの理解を制限します。RhizobiaceaeのDNA配列の統計分析とパルスフィールドアガロースゲル電気泳動（PFE）による直接評価に基づいて、豊富な標的部位を持つ5つの制限エンドヌクレアーゼは、最もまれではないものとして特定されました：asei（5'-attaat-3 '）、drai（5'-tttaaa-3'）、spei（5'-actagt-3 '）、sspi（5'-aataat-3'）、xbai（5'-tctaga-3 '）。SPEIダイジェストによって生成されたDNAフラグメントのサイズを追加することにより、Bradyrhizobium japonicum usda 424およびRhizobium meliloti 1021のゲノムのサイズを計算しました。R. meliloti 1021およびB. japonicum usda 424のゲノムサイズは、それぞれ5,379 +/- 282.5 kbおよび6,195 +/- 192.4 kbでした。また、B。japonicumの自由生活と細菌型のゲノムの組織を比較しました。B. japonicum USDA 123およびUSDA 122の自由生活と成熟（接種後35日）の細菌のPFE分解ゲノムフィンガープリント間に違いは観察されませんでした。また、B。japonicumUSDA 123ゲノムフィンガープリントは、結節を通過した後、100世代にわたって豊富な成長媒体の維持後に変更されませんでした。大規模なDNAの再編成は、成熟した細菌や、実験室条件下での豊富な成長媒体での自由生活の成長には見られないと結論付けています。

The lack of high-resolution genetic or physical maps for the family Rhizobiaceae limits our understanding of this agronomically important bacterial family. On the basis of statistical analyses of DNA sequences of the Rhizobiaceae and direct evaluation by pulsed-field agarose gel electrophoresis (PFE), five restriction endonucleases with AT-rich target sites were identified as the most rarely cutting: AseI (5'-ATTAAT-3'), DraI (5'-TTTAAA-3'), SpeI (5'-ACTAGT-3'), SspI (5'-AATAAT-3'), and XbaI (5'-TCTAGA-3'). We computed the sizes of the genomes of Bradyrhizobium japonicum USDA 424 and Rhizobium meliloti 1021 by adding the sizes of DNA fragments generated by SpeI digests. The genome sizes of R. meliloti 1021 and B. japonicum USDA 424 were 5,379 +/- 282.5 kb and 6,195 +/- 192.4 kb, respectively. We also compared the organization of the genomes of free-living and bacteroid forms of B. japonicum. No differences between the PFE-resolved genomic fingerprints of free-living and mature (35 days after inoculation) bacteroids of B. japonicum USDA 123 and USDA 122 were observed. Also, B. japonicum USDA 123 genomic fingerprints were unchanged after passage through nodules and after maintenance on a rich growth medium for 100 generations. We conclude that large-scale DNA rearrangements are not seen in mature bacteroids or during free-living growth on rich growth media under laboratory conditions.