真核生物翻訳開始錯体におけるmRNAのリボソームの位置と接触

真核生物の開始複合体における40年代のリボソームサブユニットのmRNAの位置は、一意に配置された4-チオリジンを含むmRNAを使用したUV架橋によって決定されました。mRNA位置（+）11のリボソームタンパク質（RP）RPS2（S5P）およびRPS3（S3P）、および（+）9-（+）11および（+）8-（+）9からH18および18SのH34への架橋それぞれrRNAは、mRNAが原核生物と同じrRNAおよびタンパク質の同じ層を介してmRNA結合チャネルに入ることを示しました。Pサイトの上流、位置（ - ）3/（ - ）4からRPS5（S7P）およびH23Bの近接、（ - ）6/（ - ）7からRPS14（S11P）、および（ - ）8-（- ）18S rRNAの3'末端（細菌の輝きとrRNA要素を形成するmRNA/rRNA要素）にも、細菌の要素に似ていますmRNAパス。これらの顕著な類似点に加えて、mRNA経路の違いには、H28の中央領域への位置（+）7/（+）8の真核生物開始錯体の近接性が含まれていました（+）4/（+）5からRPS15（S19p）、および（ - ）6および（ - ）7/（ - ）10は、それぞれ真核特異的RPS26およびRPS28に。さらに、私たちは以前に、真核生物の開始因子2alpha（eif2alpha）が位置（ - ）3に接触することを決定し、eif3が位置（ - ）8-（ - ）17と相互作用し、に寄与する可能性が高いmRNA結合チャネルの拡張を形成することを報告しました。真核生物開始のユニークな側面。

The position of mRNA on 40S ribosomal subunits in eukaryotic initiation complexes was determined by UV crosslinking using mRNAs containing uniquely positioned 4-thiouridines. Crosslinking of mRNA positions (+)11 to ribosomal protein (rp) rpS2(S5p) and rpS3(S3p), and (+)9-(+)11 and (+)8-(+)9 to h18 and h34 of 18S rRNA, respectively, indicated that mRNA enters the mRNA-binding channel through the same layers of rRNA and proteins as in prokaryotes. Upstream of the P-site, the proximity of positions (-)3/(-)4 to rpS5(S7p) and h23b, (-)6/(-)7 to rpS14(S11p), and (-)8-(-)11 to the 3'-terminus of 18S rRNA (mRNA/rRNA elements forming the bacterial Shine-Dalgarno duplex) also resembles elements of the bacterial mRNA path. In addition to these striking parallels, differences between mRNA paths included the proximity in eukaryotic initiation complexes of positions (+)7/(+)8 to the central region of h28, (+)4/(+)5 to rpS15(S19p), and (-)6 and (-)7/(-)10 to eukaryote-specific rpS26 and rpS28, respectively. Moreover, we previously determined that eukaryotic initiation factor2alpha (eIF2alpha) contacts position (-)3, and now report that eIF3 interacts with positions (-)8-(-)17, forming an extension of the mRNA-binding channel that likely contributes to unique aspects of eukaryotic initiation.