アフリカ南部のササギとピーナッツは、アフリカで一般的な大型汎トロピカルクレードに属する統計遺伝子を抱える多様なブラジルヒゾビウム株によって栄養化されています

南アフリカのササギ（Vigna unguiculata）とピーナッツ（Arachis phypogaea）は、Bradyrhizobium株の遺伝的に多様なグループによって栄養化されています。これらの細菌の同一性を決定するために、ボツワナと南アフリカの両方の宿主の根結節に由来する22の分離株のコレクションを、コアゲノム遺伝子RRS、RECA、およびGLNIIの組み合わせシーケンスを使用して調査しました。これらのデータは、分離株の大部分を3つのユニークな系統のいずれかに分離しました。一部の分離株は、B。japonicum、B。Canariense、またはB. liaoningensensとグループ化されたものではありませんが、B。yuanmingenseおよびB. elkaniiとも同種でした。これらの細菌における結節遺伝子の進化を研究するために、一般的な統治遺伝子、noDA、および宿主特異的な統治遺伝子、Nodz、NOEE、およびNOEIを分析しました。Nodaの系統発生は、co病とピーナッツのブラジゾビウム分離株が、7つの既知のBradyrhizobiumnodaクレードのクレードIIIの一部を形成するさまざまな局所的に適応したグループまたはエコタイプを表していることを示しました。この大規模で非常に多様なクレードは、サハラ以南のアフリカからのすべての株と、アメリカ、オーストラリア、インドネシア、中国、日本から生まれたもので構成されています。いくつかの同様のグループ化は、他の結節遺伝子によってサポートされていましたが、結節遺伝子の全体的な系統発生は、コアゲノム遺伝子から推測されるものとは不調和であり、水平遺伝子導入がco牛とピーナッツ根節細菌の進化に大きく影響することを示唆しています。さらに、テストされた分離株におけるノッツ、NOEI、およびNOEE遺伝子の同定は、アフリカのブラジルヒゾビウム種が高度に装飾された統合因子を生成する可能性があることを示しています。

Cowpea (Vigna unguiculata) and peanut (Arachis hypogaea) in southern Africa are nodulated by a genetically diverse group of Bradyrhizobium strains. To determine the identity of these bacteria, a collection of 22 isolates originating from the root nodules of both hosts in Botswana and South Africa was investigated using the combined sequences for the core genome genes rrs, recA, and glnII. These data separated the majority of the isolates into one of three unique lineages that most likely represent novel Bradyrhizobium species. Some isolates were also conspecific with B. yuanmingense and with B. elkanii, although none grouped with B. japonicum, B. canariense or B. liaoningense. To study the evolution of nodulation genes in these bacteria, the common nodulation gene, nodA, and host-specific nodulation genes, nodZ, noeE, and noeI, were analyzed. The nodA phylogeny showed that the cowpea and peanut Bradyrhizobium isolates represent various locally adapted groups or ecotypes that form part of Clade III of the seven known BradyrhizobiumnodA clades. This large and highly diverse clade comprises all strains from sub-Saharan Africa, as well as some originating from the Americas, Australia, Indonesia, China and Japan. Some similar groupings were supported by the other nodulation genes, although the overall phylogenies for the nodulation genes were incongruent with that inferred from the core genome genes, suggesting that horizontal gene transfer significantly influences the evolution of cowpea and peanut root-nodule bacteria. Furthermore, identification of the nodZ, noeI, and noeE genes in the isolates tested indicates that African Bradyrhizobium species may produce highly decorated nodulation factors, which potentially represent an important adaptation enabling nodulation of a great variety of legumes inhabiting the African continent.