構造分析は、ヒトLAタンパク質によってRNA 3 'の認識における立体構造可塑性を明らかにする

真核生物のLAタンパク質は、折りたたみと成熟を支援するために、新生RNAポリメラーゼIII転写産物の3 'ポリ（U）配列を認識します。このようなRNAの3 '端は、LA（LANTD）のN末端ドメインに拘束されます。それぞれが異なる一本鎖RNAオリゴマーを含む4つのLANTD：RNA複合体の結晶構造を解き、それらを以前に公開されたLANTD：部分的に二重鎖RNAを含むRNA複合体の構造と比較しました。LAモチーフとRRMドメインの間の界面にある結合ポケットに純粋に一本鎖RNAが存在すると、RNAの3 '末端と大幅に密接に接触できます。異なるLANTD：RNA複合体の比較は、結合の鍵であるRNAリガンドの3 '末端における最後の2つのヌクレオチドとの保存された相互作用セットを識別します。驚くべきことに、RNA結合のモードにおける予期しない程度の可塑性を示す、結合したssRNAの2つの代替立体配座も観察されます。

The eukaryotic La protein recognizes the 3' poly(U) sequences of nascent RNA polymerase III transcripts to assist folding and maturation. The 3' ends of such RNAs are bound by the N-terminal domain of La (LaNTD). We have solved the crystal structures of four LaNTD:RNA complexes, each containing a different single-stranded RNA oligomer, and compared them to the structure of a previously published LaNTD:RNA complex containing partially duplex RNA. The presence of purely single-stranded RNA in the binding pocket at the interface between the La motif and RRM domains allows significantly closer contact with the 3' end of the RNA. Comparison of the different LaNTD:RNA complexes identifies a conserved set of interactions with the last two nucleotides at the 3' end of the RNA ligand that are key to binding. Strikingly, we also observe two alternative conformations of bound ssRNA, indicative of an unexpected degree of plasticity in the modes of RNA binding.