代替プロモーターは、ゲノムレベルでの代替スプライシングに影響します

背景：ますます多くの実験により、転写とmRNA処理は2つの独立したイベントではなく、互いにしっかりと結合されていることが示されています。プロモーターと転写速度の両方が、代替スプライシングに影響を与えることがわかった。人間の遺伝子の半分以上には代替プロモーターがありますが、なぜ多くの代替プロモーターが存在し、その生物学的役割が何であるかはまだ明らかではありません。 方法論/主要な調査結果：この研究では、ヒトおよびマウス遺伝子のゲノム全体の分析により、代替プロモーターと代替スプライシングの間に機能的な相関があるかどうかを調査しました。代替プロモーターと代替スプライシング注釈を備えた遺伝子の大きなデータセットを構築しました。これらの遺伝子を分析することにより、代替プロモーターを持つ遺伝子は、単一プロモーターを持つ遺伝子と比較して代替スプライシングを実証する傾向があり、より多くの代替プロモーターを持つ遺伝子がより多くの代替スプライシングバリアントを持つ傾向があることを示しました。さらに、異なる代替プロモーターからの転写産物は、異なる方法でスプライスする傾向がありました。 結論/重要性：したがって、ゲノムレベルでは、代替プロモーターは代替スプライシングと正の相関があります。

BACKGROUND: More and more experiments have shown that transcription and mRNA processing are not two independent events but are tightly coupled to each other. Both promoter and transcription rate were found to influence alternative splicing. More than half of human genes have alternative promoters, but it is still not clear why there are so many alternative promoters and what their biological roles are. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: In this study, we explored whether there is a functional correlation between alternative promoters and alternative splicing by a genome-wide analysis of human and mouse genes. We constructed a large data set of genes with alternative promoter and alternative splicing annotations. By analyzing these genes, we showed that genes with alternative promoters tended to demonstrate alternative splicing compare to genes with single promoter, and, genes with more alternative promoters tend to have more alternative splicing variants. Furthermore, transcripts from different alternative promoters tended to splice differently. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Thus at the genomic level, alternative promoters are positively correlated with alternative splicing.