Kabatの分析と改善、および抗体可変ドメインの数字の構造的に修正

タンパク質配列と構造の分析では、標準化された番号付けスキームにより、明示的なアライメントなしで機能を比較できます。これは、抗体の場合に特に価値があることが証明されています。最も広く使用されているスキーム（Kabat：シーケンスベース、Chothia：構造ベース）は、相補性決定領域（CDR）の番号のみが異なります。広く使用されているKabatデータベースの番号付けされた注釈を分析し、エントリの約10％がエラーまたは矛盾が含まれていることを発見しました。構造のコンテキストでのシーケンスアラインメントのさらなる分析は、KabatおよびChothiaスキームの一部のフレームワーク領域の挿入部位が正しくないことを示唆しています。したがって、CDRとフレームワーク全体で構造的に正しいChothiaスキームの修正バージョンを提案します。この分析を実行するために、Kabat、Chothia、Modified-Chothia Numbersing Schemsの自動アプリケーションのツールを開発し、利用可能にしました。このツールのパフォーマンスを慎重にベンチマークしました。

In analysing protein sequence and structure, standardized numbering schemes allow comparison of features without explicit alignment. This has proved particularly valuable in the case of antibodies. The most widely used schemes (Kabat: sequence-based; Chothia: structure-based) differ only in the numbering of the complementarity determining regions (CDRs). We have analyzed the numbered annotations in the widely used Kabat database and found that approximately 10% of entries contain errors or inconsistencies. Further analysis of sequence alignments in the context of structure suggest that the sites of the insertions in some framework regions in the Kabat and Chothia schemes are incorrect. We therefore propose a corrected version of the Chothia scheme which is structurally correct throughout the CDRs and frameworks. To perform this analysis, we have developed, and made available, a tool for the automatic application of Kabat, Chothia and modified-Chothia numbering schemes and have carefully benchmarked the performance of this tool.