SYBRグリーンリアルタイムPCRとTAQMAN PCR、マイクロアレイ、およびその他の遺伝子発現測定技術とマイクロアレイ品質コントロール（MAQC）研究で評価された他の遺伝子発現測定技術のクロスプラットフォーム比較

背景：マイクロアレイ品質制御（MAQC）プロジェクトは、2つの市販の参照RNAサンプルの発現をプロファイリングする際に、7つのマイクロアレイプラットフォームと3つの定量的遺伝子発現アッセイのプラットフォーム間およびプラットフォーム内の再現性を評価しました（NAT Biotechnol 24：1115-22、2006）。テスト済みのマイクロアレイは、Affymetrix、Agilent Technologies、Applied Biosystems、GE Healthcare、Illumina、EppendorfおよびThe National Cancer Instituteのプラットフォーム、およびTaqMan遺伝子発現PCRアッセイ、標準化された（STA）RT-PCRTRADEマークと量子化のTAQMAN遺伝子発現アッセイが含まれていました。このデータは、さまざまなマイクロアレイプラットフォーム、さまざまなテクノロジー、テストサイトにわたる遺伝子発現測定において大きな一貫性を示しました。ただし、遺伝子発現測定のためにすべてのリアルタイムPCRユーザーの半分が利用するもう1つの一般的な手法であるSybr GreenリアルタイムPCRは、MAQC研究では対処されていません。本研究では、SYBR Green PCRのパフォーマンスを、MAQCプロジェクトと同じ2つの参照RNAサンプルを使用して、Taqman PCR、マイクロアレイ、およびその他の定量技術と比較しました。SuperArrayの市販のRT2プロフィラートレードマークPCRアレイを使用してSYBRグリーンのリアルタイムPCRを評価しました。 結果：SYBRグリーンPCRアレイは、さまざまなユーザー、PCR機器、テストサイトの間で適切に再現性を示します。さらに、SYBRグリーンPCRアレイは、TaqMan PCRとの一致が最も高く、この研究で評価された他の定量的方法およびマイクロアレイとの高レベルの一致は、折り畳み変化の相関と差次的に発現した遺伝子のリストの重複の点で評価されました。 結論：これらのデータは、SYBRグリーンのリアルタイムPCRが、TAQMAN PCRおよびその他の高密度マイクロアレイとの遺伝子発現測定で非常に同等の結果をもたらすことを示しています。

BACKGROUND: The MicroArray Quality Control (MAQC) project evaluated the inter- and intra-platform reproducibility of seven microarray platforms and three quantitative gene expression assays in profiling the expression of two commercially available Reference RNA samples (Nat Biotechnol 24:1115-22, 2006). The tested microarrays were the platforms from Affymetrix, Agilent Technologies, Applied Biosystems, GE Healthcare, Illumina, Eppendorf and the National Cancer Institute, and quantitative gene expression assays included TaqMan Gene Expression PCR Assay, Standardized (Sta) RT-PCRtrade mark and QuantiGene. The data showed great consistency in gene expression measurements across different microarray platforms, different technologies and test sites. However, SYBR Green real-time PCR, another common technique utilized by half of all real-time PCR users for gene expression measurement, was not addressed in the MAQC study. In the present study, we compared the performance of SYBR Green PCR with TaqMan PCR, microarrays and other quantitative technologies using the same two Reference RNA samples as the MAQC project. We assessed SYBR Green real-time PCR using commercially available RT2 Profilertrade mark PCR Arrays from SuperArray, containing primer pairs that have been experimentally validated to ensure gene-specificity and high amplification efficiency. RESULTS: The SYBR Green PCR Arrays exhibit good reproducibility among different users, PCR instruments and test sites. In addition, the SYBR Green PCR Arrays have the highest concordance with TaqMan PCR, and a high level of concordance with other quantitative methods and microarrays that were evaluated in this study in terms of fold-change correlation and overlap of lists of differentially expressed genes. CONCLUSION: These data demonstrate that SYBR Green real-time PCR delivers highly comparable results in gene expression measurement with TaqMan PCR and other high-density microarrays.