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背景：4つの世界的に重要なグループAロタウイルス（GARV）VP7遺伝子型（G1-G4）に加えて、最近の監視研究により、乳児下痢の病因としてG9株の重要性が明らかになりました。 目的：胃腸炎でB.C.博士に認められた子供からのGARVの検出とジェノタイピングインド、コルカタの子供のためのロイ記念病院。 研究デザイン：ポリアクリルアミドゲルにおけるRNA電気泳動により、Sutool標本でGARVが検出されました。G-およびPジェノタイピングは、セミネストされたマルチプレックスPCRアッセイによって実行されました。ロタウイルスG9およびG12株のVP7遺伝子は、さらなる分析のために配列決定されました。 結果：249 GARV株のうち（n = 668、2005年5月から2006年5月12月）、GおよびPジェノタイピングはそれぞれ197および204のサンプルでそれぞれ正常に達成されました。G1（41.6％）は、G2（33％）、G12（14.2％）、G9（10.1％）、および混合遺伝子型（1％）が続いて、最も一般的なG-ジェノタイプに続いていました。一般的なpジェノタイプは、p [8]（54.4％）、p [4]（31.4％）、p [6]（7.3％）および混合遺伝子型（6.9％）でした。全体として、G1P [8]、G2P [4]、G9P [8]、G12P [8]、およびG12P [6]は、重要なG-Pの組み合わせとして同定されました。13 G9株の系統解析により、G9系統III内のクラスタリングが明らかになりました。28 G12株のうち9つを配列決定し、コルカタから以前に報告されたG12株を使用して系統発生クラスタリングを示しました。 結論：以前のデータ（2003年から2005年4月）と比較して、G9およびG2P [4]株は、インド東部の重要な遺伝子型として短期間で地位を確立しました。
背景：4つの世界的に重要なグループAロタウイルス（GARV）VP7遺伝子型（G1-G4）に加えて、最近の監視研究により、乳児下痢の病因としてG9株の重要性が明らかになりました。 目的：胃腸炎でB.C.博士に認められた子供からのGARVの検出とジェノタイピングインド、コルカタの子供のためのロイ記念病院。 研究デザイン：ポリアクリルアミドゲルにおけるRNA電気泳動により、Sutool標本でGARVが検出されました。G-およびPジェノタイピングは、セミネストされたマルチプレックスPCRアッセイによって実行されました。ロタウイルスG9およびG12株のVP7遺伝子は、さらなる分析のために配列決定されました。 結果：249 GARV株のうち（n = 668、2005年5月から2006年5月12月）、GおよびPジェノタイピングはそれぞれ197および204のサンプルでそれぞれ正常に達成されました。G1（41.6％）は、G2（33％）、G12（14.2％）、G9（10.1％）、および混合遺伝子型（1％）が続いて、最も一般的なG-ジェノタイプに続いていました。一般的なpジェノタイプは、p [8]（54.4％）、p [4]（31.4％）、p [6]（7.3％）および混合遺伝子型（6.9％）でした。全体として、G1P [8]、G2P [4]、G9P [8]、G12P [8]、およびG12P [6]は、重要なG-Pの組み合わせとして同定されました。13 G9株の系統解析により、G9系統III内のクラスタリングが明らかになりました。28 G12株のうち9つを配列決定し、コルカタから以前に報告されたG12株を使用して系統発生クラスタリングを示しました。 結論：以前のデータ（2003年から2005年4月）と比較して、G9およびG2P [4]株は、インド東部の重要な遺伝子型として短期間で地位を確立しました。
BACKGROUND: In addition to four globally important group A rotavirus (GARV) VP7 genotypes (G1-G4), recent surveillance studies have revealed importance of G9 strains as an aetiological agent of infantile diarrhoea. OBJECTIVE: Detection and genotyping of GARVs from children, admitted with gastroenteritis to Dr. B.C. Roy Memorial Hospital for Children, Kolkata, India. STUDY DESIGN: GARVs were detected in stool specimens by RNA electrophoresis in polyacrylamide gels. G- and P-genotyping were performed by seminested multiplex PCR assays. VP7 gene of rotavirus G9 and G12 strains were sequenced for further analysis. RESULTS: Of 249 GARV strains (n=668, May 2005-December 2006), G- and P-genotyping were successfully accomplished for 197 and 204 samples, respectively. G1 (41.6%) was most prevalent G-genotype followed by G2 (33%), G12 (14.2%), G9 (10.1%) and mixed genotype (1%). Prevalent P-genotypes were P[8] (54.4%), P[4] (31.4%), P[6] (7.3%) and mixed genotype (6.9%). Overall, G1P[8], G2P[4], G9P[8], G12P[8] and G12P[6] were identified as important G-P combinations. Phylogenetic analysis of 13 G9 strains revealed clustering within G9 lineage III. Nine of 28 G12 strains were sequenced and exhibited phylogenetic clustering with previously reported G12 strains from Kolkata. CONCLUSION: In comparison to our previous data (2003 to April 2005), G9 and G2P[4] strains established themselves in a short time span as important genotypes in eastern India.
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