ClustalwとClustalxを使用した複数のシーケンスアラインメント

Clustalプログラムは、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列の自動複数の整列を実行するために広く使用されています。最も馴染みのあるバージョンはClustalWです。これは、多かれ少なかれすべてのコンピューターシステムに移植可能なシンプルなテキストメニューシステムを使用しています。Clustalxは、グラフィカルユーザーインターフェイスと、アラインメントの解釈を支援するためのいくつかの強力なグラフィカルユーティリティを備えており、インタラクティブ使用に適したバージョンです。ユーザーは、Webを使用していくつかのサイトからClustalをリモートで実行するか、プログラムをPCS、Macintosh、またはUNIXコンピューターでローカルにダウンロードして実行できます。このユニットのプロトコルは、ClustalxとClustalWを使用してアライメントを構築する方法について説明し、既存のアライメントをマージしてプロファイルアラインメントを作成します。

The Clustal programs are widely used for carrying out automatic multiple alignment of nucleotide or amino acid sequences. The most familiar version is ClustalW, which uses a simple text menu system that is portable to more or less all computer systems. ClustalX features a graphical user interface and some powerful graphical utilities for aiding the interpretation of alignments and is the preferred version for interactive usage. Users may run Clustal remotely from several sites using the Web or the programs may be downloaded and run locally on PCs, Macintosh, or Unix computers. The protocols in this unit discuss how to use ClustalX and ClustalW to construct an alignment, and create profile alignments by merging existing alignments.