ミームで新しいシーケンスモチーフを発見します

このユニットは、関連するヌクレオチドまたはペプチド配列のグループでモチーフを発見するためにミームを使用する方法を示しています。ミームモチーフは、入力グループの1つ以上のシーケンスで繰り返し発生するシーケンスパターンです。ミームは、入力シーケンスのみに基づいているため、事前の知識（既知のモチーフのデータベースなど）ではなく、入力シーケンスのみに基づいているため、新しいパターンを発見するために使用できます。ミームへの入力は、同じタイプ（ペプチドまたはヌクレオチド）の一連の整列されていない配列です。それが発見する各モチーフについて、ミームは、パターンの各位置での発生（サイト）、コンセンサスシーケンス、および保存のレベル（情報コンテンツ）を報告します。また、ミームは、トレーニングセットシーケンスで発見されたすべてのモチーフがどこで発生するかを示すブロック図を作成します。MemeのHyperText（HTML）出力には、他の検索でモチーフを便利に使用できるボタンも含まれています。

This unit illustrates how to use MEME to discover motifs in a group of related nucleotide or peptide sequences. A MEME motif is a sequence pattern that occurs repeatedly in one or more sequences in the input group. MEME can be used to discover novel patterns because it bases its discoveries only on the input sequences, not on any prior knowledge (such as databases of known motifs). The input to MEME is a set of unaligned sequences of the same type (peptide or nucleotide). For each motif it discovers, MEME reports the occurrences (sites), consensus sequence, and the level of conservation (information content) at each position in the pattern. MEME also produces block diagrams showing where all of the discovered motifs occur in the training set sequences. MEME's hypertext (HTML) output also contains buttons that allow for the convenient use of the motifs in other searches.