mRNAディスプレイを使用した環状ペプチドアプタマーの選択HCV IRES RNAへの選択

C型肝炎ウイルス（HCV）は、深刻な肝疾患の主要な原因物質である陽性鎖RNAフラビウイルスであり、新しい治療法を緊急の優先事項にします。HCV翻訳の開始は、宿主mRNAのそれと根本的に異なるメカニズムによって発生するため、創薬の魅力的な標的です。HCV mRNAの翻訳は、CAPとポリ（A）認識とバイパスのEIF4F複合体形成とは無関係に、内部リボソーム侵入部位（IRES）から開始されます。単純で堅牢な環化手順と組み合わせたmRNAディスプレイ選択技術を使用して、10> 10（13）の異なる配列のペプチドライブラリーをスクリーニングし、HCV IRES RNAに対する高い親和性と特異性で結合する環状ペプチドを分離しました。最高のペプチドは、類似の長さの他のいくつかのRNAへの結合と比較して、亜球下親和性と少なくとも100倍の特異性を持つIREを結合します。ペプチドは、in vitroでのHCV IRESによって開始された翻訳を特異的に阻害し、通常のCAP依存性翻訳開始に検出可能な効果はありません。8-AA環状ペプチドは、全長27-AA二環ペプチドのほとんどの活性を保持します。これらのペプチドは、HCV翻訳の研究に有用なツールである可能性があり、抗HCV薬としてさらなる発達の可能性がある可能性があります。

The hepatitis C virus (HCV) is a positive strand RNA flavivirus that is a major causative agent of serious liver disease, making new treatment modalities an urgent priority. Because HCV translation initiation occurs by a mechanism that is fundamentally distinct from that of host mRNAs, it is an attractive target for drug discovery. The translation of HCV mRNA is initiated from an internal ribosomal entry site (IRES), independent of cap and poly(A) recognition and bypassing eIF4F complex formation. We used mRNA display selection technology combined with a simple and robust cyclization procedure to screen a peptide library of >10(13) different sequences and isolate cyclic peptides that bind with high affinity and specificity to HCV IRES RNA. The best peptide binds the IRES with subnanomolar affinity, and a specificity of at least 100-fold relative to binding to several other RNAs of similar length. The peptide specifically inhibits HCV IRES-initiated translation in vitro with no detectable effect on normal cap-dependent translation initiation. An 8-aa cyclic peptide retains most of the activity of the full-length 27-aa bicyclic peptide. These peptides may be useful tools for the study of HCV translation and may have potential for further development as an anti-HCV drug.