Uniprobe：タンパク質DNA相互作用に関するタンパク質結合マイクロアレイデータのオンラインデータベース

Uniprobe（オリゴヌクレオチド結合評価用のユニバーサルPBMリソース）データベースは、タンパク質のin vitro DNA結合特異性に関するユニバーサルタンパク質結合マイクロアレイ（PBM）テクノロジーによって生成されたデータをホストします。Uniprobeデータベースのこの最初のリリースは、長さk（「k-mers」）のすべての可能なシーケンスバリアント（「単語」）のタンパク質の好みに関する包括的なPBMデータにアクセスするための集中リソースを提供します。）およびK-MERデータのグラフィカルシーケンスロゴ表現。、マウスとヒト。現在のWebツールには、テキストベースの検索、ユーザーが入力したデータとデータベースPWMの間のモチーフの類似性を評価するための機能、およびユーザーが入力したヌクレオチド配列に沿って推定バインディングサイトを見つける機能が含まれます。Uniprobeデータベースは、http：//thebrain.bwh.harvard.edu/uniprobe/で入手できます。

The UniPROBE (Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation) database hosts data generated by universal protein binding microarray (PBM) technology on the in vitro DNA-binding specificities of proteins. This initial release of the UniPROBE database provides a centralized resource for accessing comprehensive PBM data on the preferences of proteins for all possible sequence variants ('words') of length k ('k-mers'), as well as position weight matrix (PWM) and graphical sequence logo representations of the k-mer data. In total, the database hosts DNA-binding data for over 175 nonredundant proteins from a diverse collection of organisms, including the prokaryote Vibrio harveyi, the eukaryotic malarial parasite Plasmodium falciparum, the parasitic Apicomplexan Cryptosporidium parvum, the yeast Saccharomyces cerevisiae, the worm Caenorhabditis elegans, mouse and human. Current web tools include a text-based search, a function for assessing motif similarity between user-entered data and database PWMs, and a function for locating putative binding sites along user-entered nucleotide sequences. The UniPROBE database is available at http://thebrain.bwh.harvard.edu/uniprobe/.