リガンド効率と断片ベースの創薬

フラグメントベースの創薬（FBDD）の使用は、より低い分子量の最適化された化合物を生成する可能性が高いため、近年増加しています。リガンド効率（LE）は、フラグメント、HTSヒット、および結果として生じる最適化リガンドの評価に重要になっています。LEは、等しい分子量のリガンドを比較するのに役立ちますが、異なる分子量のリガンドの比較には効果がありません。LEは分子サイズに強く依存しているため、適合品質と呼ばれるサイズに依存しない効率スコアを開発するようになりました。LEと適合品質を使用した文献のFBDD例を評価すると、一般に、開始フラグメントのLESは、より大きく、より精巧な構造のLESよりも大きいことがわかります。ただし、品質スコアの適合は、フラグメントの最適化により改善する傾向があります。

The use of fragment-based drug discovery (FBDD) has increased in recent years since it is more likely to produce a better optimized compound of lower molecular weight. Ligand efficiency (LE) has become important for assessing fragments, HTS hits, and resulting optimized ligands. LE is useful for comparing ligands of equal molecular weight, but is ineffective for comparisons of ligands of differing molecular weight. LE has a strong dependence on molecular size, which has led us to develop a size-independent efficiency score termed fit quality. Evaluating FBDD examples from the literature using LE and fit quality, we find that, in general, the LEs of starting fragments are greater than those of larger, more elaborated, structures. Fit quality scores, however, tend to improve upon optimization of the fragments.