VMDの使用：入門チュートリアル

VMD（Visual Molecular Dynamics）は、タンパク質、核酸、脂質二重層の集合体などの生物学的システム向けに設計された分子視覚化および分析プログラムです。このユニットは、入門VMDチュートリアルとして機能します。VMDの最も人気のある機能のいくつかのいくつかのステップバイステップの例を紹介します。これには、異なる図面と着色方法の3つの次元の分子を視覚化する、出版品質のフィギュアのレンダリング、分子動力学シミュレーションの軌跡のアニメーション化と分析、スクリップインでの分析テキストベースのTCL/TKインターフェイス、およびタンパク質の配列データと構造データの両方を分析します。

VMD (Visual Molecular Dynamics) is a molecular visualization and analysis program designed for biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. This unit will serve as an introductory VMD tutorial. We will present several step-by-step examples of some of VMD's most popular features, including visualizing molecules in three dimensions with different drawing and coloring methods, rendering publication-quality figures, animating and analyzing the trajectory of a molecular dynamics simulation, scripting in the text-based Tcl/Tk interface, and analyzing both sequence and structure data for proteins.