遺伝子発現プロファイルの非陰性マトリックス因数分解：BRB-ArrayToolsのプラグイン

概要：非陰性マトリックス因数分解（NMF）は、複雑な高次元データの分析のためにますます使用されるアルゴリズムです。BRB-ArrayToolsは、65か国以上でほぼ9000人の登録ユーザーを対象とした遺伝子発現データを分析するために広く使用されているソフトウェアシステムです。マイクロアレイ遺伝子発現データの監視されていないサンプルクラスタリングのために、BRB-ArrayToolsのNMF分析プラグインを開発しました。分析ツールには、ログ比データの正と負の両方の要素を処理できるSemi-NMFのアルゴリズムも組み込まれています。出力には、サンプルクラスターのヒートマップと、広範な生物学的注釈を持つ差次的に発現した遺伝子が含まれています。比較のために、出力にはK-Meansクラスタリングの結果も含まれます。 可用性：NMF Analysisプラグインは、非営利ユーザー向けのBRB-ArrayToolsで自由に利用できます。BRB-ArrayToolsは、http：//linus.nci.nih.gov/brb-arraytools.htmlでダウンロードできます。NMFおよびSemi-NMFに使用されるアルゴリズムは、ftp：//linus.nci.nih.gov/pub/nmfで入手できます。

SUMMARY: Non-negative matrix factorization (NMF) is an increasingly used algorithm for the analysis of complex high-dimensional data. BRB-ArrayTools is a widely used software system for the analysis of gene expression data with almost 9000 registered users in over 65 countries. We have developed a NMF analysis plug-in in BRB-ArrayTools for unsupervised sample clustering of microarray gene expression data. Our analysis tool also incorporates an algorithm for Semi-NMF which can handle both positive and negative elements for log-ratio data. Output includes a heat map of sample clusters and differentially expressed genes with extensive biological annotation. For comparison, output also includes the results of K-means clustering. AVAILABILITY: The NMF analysis plug-in is freely available in BRB-ArrayTools for non-commercial users. BRB-ArrayTools can be downloaded at http://linus.nci.nih.gov/BRB-ArrayTools.html. The algorithms used for NMF and Semi-NMF are available at ftp://linus.nci.nih.gov/pub/NMF.