29結合したハプテンを備えた抗ジニトロフェニル - スピン - ラベルモノクローナル抗体ファブフラグメントの分解能構造

マウスモノクローナル抗ジニトロフェニルスピン - ラベル抗体とそのハプテンと複合したファブフラグメントの結晶構造は、新しい分子置換法を使用して2.9 A分解能で解決されました。翻訳検索の前に、多くの最も可能性の高い回転関数溶液が、観測された構造因子と計算された構造因子の強度の間の線形相関係数に対する剛体の精製を受けました。まず、検索モデルの全体的な方向、次に4つのFABドメイン（VH、VL、CH1、CL）の方向と位置を改良しました。この手順により、検索モデルの正しい方向が明確に識別されました。次に、洗練された検索モデルを翻訳検索にかけ、結晶の単位セルのエナンチオマーと位置を明確に決定しました。成功した検索モデルは洗練されました2.5可変ドメイン内の非一致する残基が除去されたハイヘル-5のファブフラグメントの結晶構造。Hyhel-5は、AN02と同じサブクラス（それぞれガンマ1、カッパ）であるマウスモノクローナル抗体です。分子置換後、AN02ファブの構造は、8.0から2.9の間の12,129のユニークな反射のために、モデル構築およびコンジュゲート勾配R因子の19.5％との組み合わせでシミュレートアニーリングを使用して改良されました。（R.M.S.）理想的な結合長からの逸脱は0.014 A、R.M.S。理想的な結合角からの偏差は3.1度です。電子密度は、相補性決定領域のループによって形成されたポケットに座っているハプテンを明らかにします。ハプテンのジニトロフェニルリングは、重鎖のTRP96と軽鎖のTRP91のインドールリングの間に挟まれています。ハプテンの位置付けと結合サイトの一般的な特徴は、以前の核磁気共鳴実験の結果とよく一致しています。

The crystal structure of the Fab fragment of the murine monoclonal anti-dinitrophenyl-spin-label antibody AN02 complexed with its hapten has been solved at 2.9 A resolution using a novel molecular replacement method. Prior to translation searches, a large number of the most likely rotation function solutions were subjected to a rigid body refinement against the linear correlation coefficient between intensities of observed and calculated structure factors. First, the overall orientation of the search model and then the orientations and positions of the four Fab domains (VH, VL, CH1 and CL) were refined. This procedure clearly identified the correct orientation of the search model. The refined search model was then subjected to translation searches which unambiguously determined the enantiomer and position in the unit cell of the crystal. The successful search model was refined 2.5 A crystal structure of the Fab fragment of HyHel-5 from which non-matching residues in the variable domains had been removed. HyHel-5 is a murine monoclonal antibody whose heavy and light chains are of the same subclass (gamma 1, kappa, respectively) as AN02. After molecular replacement the structure of the AN02 Fab has been refined using simulated annealing in combination with model building and conjugate gradient refinement to a current crystallographic R-factor of 19.5% for 12,129 unique reflections between 8.0 and 2.9 A. The root-mean-square (r.m.s.) deviation from ideal bond lengths is 0.014 A, and the r.m.s. deviation from ideal bond angles is 3.1 degrees. The electron density reveals the hapten sitting in a pocket formed by the loops of the complementarity determining region. The dinitrophenyl ring of the hapten is sandwiched between the indole rings of Trp96 of the heavy-chain and Trp91 of the light-chain. The positioning of the hapten and general features of the combining site are in good agreement with the results of earlier nuclear magnetic resonance experiments.