KA/KSとKSの相関は、置換モデルと進化系統に関連しています

2005年、Wyckoffと同僚は、LPB93アルゴリズムを使用したいくつかのデータセットで、KA/KSとKSの間に驚くほど強い相関関係を説明しました。この発見は、KA/KS比を使用して選択強度を測定できる方法のパラダイムシフトの可能性を示しています。3つの異種のオーソロガスデータセットで6つの異なるアルゴリズムを使用してKAおよびKSの計算を実行し、アルゴリズムと系統の間に非常に可変的な相関を見つけました。Gy-hky置換モデルに基づくアルゴリズムは、K2PおよびJC69置換モデルに基づくものよりも弱い正の相関またはより強い負の相関を示します。1つのアルゴリズムが、温血の系統におけるKa/ksとKSの間に正の相関を示したとしても、冷血な系統で相関関係がない場合があります。このアルゴリズムに関連した進化的系統関連の相関関係は、選択強度のゲノムワイド分析で1つのKAとKSアルゴリズムのみを使用する場合、結論を引き出す際に大きな注意が必要であることを示しています。私たちの結果は、KAおよびKS計算に現在使用されているアルゴリズムに欠陥があり、改善が必要であることを示しています。

In 2005, Wyckoff and coworkers described a surprisingly strong correlation between Ka/Ks and Ks in several data sets using the LPB93 algorithm. This finding indicated the possibility of a paradigm shift in the way selection strength can be measured using the Ka/Ks ratio. We carried out a calculation of Ka and Ks using six different algorithms on three cross-species orthologous data sets and found a highly variable correlation among the algorithms and lineages. Algorithms based on the GY-HKY substitution model exhibit a weaker positive correlation or a stronger negative correlation than those based on the K2P and JC69 substitution model. Even if one algorithm shows a positive correlation between Ka/Ks and Ks in a warm-blooded lineage, it may show no correlation in a cold-blooded lineage. This algorithm-related and evolutionary lineage-related correlation indicates the need for great caution in drawing conclusions when using only one Ka and Ks algorithm in a genomewide analysis of selection strength. Our results indicated that currently used algorithms for Ka and Ks calculations are flawed and need improvements.